Standardisation of Biochemical Space Language

Bc. Branislav Brozmann

Bachelor's thesis

Anotácia:

Cieľom tejto práce bolo nájsť vzťah medzi SBML-multi a Biochemical Space Language (BCSL) a taktiež implementovať export BCSL modelov do SBML-multi formátu. BCSL je rule-based jazyk ktorý vznikol v System Biology Laboratory, na Fakulte Informatiky Masarykovej Univerzity, slúžiaci na reprezentáciu biologických procesov. SBML-multi je štandard, ktorý je navrhnutý tak aby umožnil prenositeľnosť biologických modelov. Nájdený vzťah medzi spomenutými rule-based jazykmi je popísaný spolu s možnými limitáciami. Praktickým výsledkom je nástroj na SBML-multi export BCSL modelov, ktorý je súčasťou softwéru eBCSgen. Tento nástroj slúžiaci na export je voľne dostupný.

Abstract:

Aim of this thesis was to find a relation between SBML-multi and BioChemical Space Language (BCSL) and to implement the export of BCSL models to SBML-multi format. BCSL is a rule-based language developed at Systems Biology Laboratory, Faculty of Informatics, Masaryk University, used to represent biological processes. SBML-multi is a standard which is designed to enable the transferability of biological models. The found relation between the aforementioned rule-based languages is described together with some possible limitations. The practical result is a SBML-multi export tool for BCSL models, which is part of eBCSgen software. The export tool is available for public use.

Keywords

systems biology, standardisation, rule-based, modelling, SBML, BCSL

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 30. 6. 2023
• Vedúci: RNDr. Matej Troják, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Bioinformatics