Proteiny interagující s G-kvadruplexy DNA

Jiří MARZOLL

Bachelor's thesis

Proteins interacting with DNA G-quadruplexes

Abstract:

G-kvadruplexy DNA jsou nekanonické struktury deoxyribonukleové kyseliny, vznikající v oblastech DNA bohatých na guanin. Tyto oblasti obsahující repetitivní sekvence obsahující 2 a více po sobě jdoucích guaninových bází jsou schopny pomocí vodíkových můstků vytvořit planární vazbu guaninu, tvořící tetrádu, a spojit více těchto vazeb za sebou za vzniku G-kvadruplexu. Tyto interakce bývají různě ovlivňovány proteiny, tuto stavbu podporující, nebo naopak inhibující. -Popsat strukturu G-kvadruplexů -Popsat za jakých podmínek G-kvadruplexy vznikají -Popsat proteiny interagující s G-kvadruplexy -Popsat jejich vliv na struktury G-kvadruplexů v případě jejich přítomnosti, nepřítomnosti, mutací apod.

Abstract:

G-quadruplexes are noncanonical structures of deoxyribonucleic acid, linked with G-rich areas of DNA. These areas are made of repetitive sequences, which are made of at least 2 or more guanin bases, which are tandemly connected, with hydrogen bridges. These are able to make plain structure called tetrades, and more of this structures connected together can make G-quadruplex. These interactions are influenced by proteins, witch different influence. It can have a positive od negative influence to these interactions. -Describe structure of G-quadruplexes -Describe in which circumstances are made -Describe proteins interacting with G-kvadruplexes -Describe their influence on on G-quadruplexes in case of their presence, absence, mutations etc.

Keywords

DNA, G-kvadruplexy, G4, proteiny, BLM, WRN, Pif1, FANCJ, XPD, RTEL1, DDX11, Sgs1, Nukleolin, ATRX, DNA2, SV40 T-ag, p53

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 15. 7. 2020

Accessible from:: 31. 12. 2999

Thesis defence

• Date of defence: 28. 8. 2020
• Supervisor: doc. RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Experimental Biology