Konformační vlastnosti fragmentu lidské DNA obsahujícího oblasti bohaté guaninem.

Mgr. Karla Malinová, Ph.D.

Bachelor's thesis

Anotácia:

Předložená práce se zabývá studiem konformačních vlastností trombinového aptameru d(GGTTGGTGTGGTTGG) a jeho analogů. Cílem bylo pomocí cirkulárně dichroické spektroskopie, UV absorpční spektroskopie a polyakrylamidové gelové elektroforézy zjistit, jakého uspořádání zkoumané oligonukleotidy nabývají a jaká je jejich stabilita. Byla studována struktura oligonukleotidů v závislosti na iontové síle a teplotě. Molekularita jednotlivých uspořádání byla stanovena elektroforeticky. Bylo zjištno, že všechny zkoumané vzorky tvořily v určitých podmínkách antiparalelní guaninové tetraplexy, které se lišily svou stabilitou i molekularitou. Narozdíl od dříve publikovaných prací naše výsledky ukazují, že trombinový aptamer netvoří jednořetězcový, ale dvouřetězcový tetraplex. Teprve prodloužení jeho 5-konce nebo prodloužení oblastí tvořících smyčky vedlo ke vzniku jednořetzcového tetraplexu.

Abstract:

This thesis deals with the study of conformational properties of thrombin binding aptamer d(GGTTGGTGTGGTTGG) and its analogues. CD spectroscopy, UV absorption spectroscopy and polyacrylamide gel electrophoresis were used to determine the arrangement and thermodynamic stabilities of the examined oligonucleotides. The structure of the oligonucleotides was investigated in dependence on ionic strength and temperature. Molecularity of each arrangement was determined by electrophoresis. Our results indicate that all samples form antiparallel guanine tetraplexes under specific conditions but they differ in their stability and molecularity. It was found that thrombin binding aptamer formed a bimolecular tetraplex - not the unimolecular one as former studies presented. Only an extension of the aptamer 5-end or an elongation of the rerions forming loops resultedin folding the molecule into the monomolecular tetraplex.

Kľúčové slová

DNA, aptamer, tetraplex, CD spektroskopie, UV absorpční spektroskopie

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 5. 2006

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 27. 6. 2006
• Vedúci: prof. RNDr. Michaela Vorlíčková, DrSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Physics / Biophysics