Theses 

Computational analysis and model integration of biorhythmic systems – Bc. Jakub Šalagovič

česky | in English | slovensky

Agenda:
Změnit agendu. Adresa v ISu:

Zpět na vyhledávání

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika

Bc. Jakub Šalagovič

Diplomová práce

Computational analysis and model integration of biorhythmic systems

Computational analysis and model integration of biorhythmic systems

Anotace: Táto práca sa zaoberá integráciou modelu a analýzou modelu vytvoreného spojením mechanizmu cirkadiálnych rytmov a metabolizmu uhlíku a dusíku v prokaryotickom organizme – siniciach. Pre dosiahnutie toho bolo potrebné urobiť rešerš existujúcich matematických modelov pokrývajúcich daný fenomén. Po zvolení najvhodnejších modelov sme identifikovali a modelovali ich samotné spojenie. Spolu s novovytvoreným integrovaným modelom boli vybrané modely implementované na platforme E-cyanobacterium.org. Následne bolo analyzované oscilačné chovanie navrhnutého integrovaného modelu pomocou simulácie a formálnych metód.

Abstract: This thesis deals with model integration and an analysis of model created connecting a circadian clock and a carbon-nitrogen metabolism in the prokaryotic organisms of cyanobacteria. To do so, a review of existing mathematical models covering selected phenomena was needed. Once the most suitable models had been selected, we identified and modelled their possible connection. Together with a newly created integrated model, the selected models were implemented on the E-cyanobacterium.org platform. The oscillatory behaviour of the proposed integrated model was subsequently analysed in terms of simulation and formal methods.

Keywords: systems biology, biorhythms, circadian clock, metabolism, model integration, formal analysis, monitoring, simulation, systémová biológia, biorytmy, cirkadiálne hodinky, metabolizmus, integrácia modelu, formálna analýza, simulácia

Jazyk práce: angličtina

Obhajoba závěrečné práce

  • Obhajoba proběhla 5. 2. 2018
  • Vedoucí: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
  • Oponent: Ing. Jan Červený, Ph.D.

Citační záznam

Citace dle ISO 690: LaTeX | HTML | text | BibTeX | Wikipedie

Plný text práce

Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:
  • světu
Složka Odkaz na adresář do lokálního úložiště instituce
Jak jinak získat přístup k textu

Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Fakulta informatiky


Nahoru | Aktuální datum a čas: 25. 6. 2019 08:04, 26. (sudý) týden

Soukromí

Kontakty: theses(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz