Software for Parameterization of EEM

Mgr. Tomáš Raděj

Bakalářská práce

Anotace:

V chemii existuje potřeba znát hodnoty nábojů na atomech. Metoda EEM (Electronegativity Equalization Method) je jednou z nejrychlejších a přitom dostatečně přesných metod výpočtu nábojů na atomech. Tato metoda potřebuje empirické parametry. Cílem této práce je vytvořit software, který provede parametrizaci EEM, tedy proces, který vede ke zjištění vhodných empirických parametrů Hlavní funkcí softwaru, který jsem vyvinul, je shromáždění a roztřídění vstupních dat, nastavení parametrů pro tato data, zjištění kvality získaných parametrů a vypsání stručného statistického popisu. Navíc jsem vytvořil dvě implementace, jednu v jazyce C a jednu v jazyce Java. Srovnal jsem tyto verze ve výkonu, přenosti a spravovatelnosti. Verze psaná v jazyce C se ukázala být rychlejší, ovšem verze v Javě je snadněji udržovatelná a přenositelná mezi platformami.

Abstract:

There is a need in chemistry to know the values of atomic point charges. The Electronegativity Equalization Method (EEM) is one of the fastest, yet sufficiently precise methods of calculating atomic charges. This method requires empirical parameters. The goal of this thesis is to develop a piece of software that can perform the parameterization of EEM, i. e. the process by which appropriate empirical parameters are obtained. The main functionality of the software I developed is collecting and sorting reference data, fitting parameters to the sorted data, testing the performance of the obtained parameters and putting together a short statistical description. In addition, I developed two implementations of the parameterization software, one in C and one in Java. I compared them in terms of maintainability, accuracy and performance. The C version has proven to be faster, but the Java version has better maintainability and portability.

Keywords

Atomic charge, electronegativity equalization method, parameterization, programming platforms, comparison, náboj na atomech, metoda EEM, parametrizace, platformy pro vývoj, srovnání

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 24. 6. 2011
• Vedoucí: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Jan Fousek

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Informatika / Počítačové sítě a komunikace