Výskyt bifidobakterií v trávicím traktu kočkodanů

Tereza Benešová

Bakalářská práce

Occurrence of bifidobacteria in the gastrointestinal tract of marmosets

Anotace:

Bifidobakterie patří mezi nejčastější rody bakterií vyskytující se v trávicím traktu lidí a zvířat, které napomáhají stabilizovat rovnováhu střevní mikrobioty a příznivě tak ovlivňují zdraví hostitele. Pro jejich pozitivní vlastnosti jsou bifidobakterie často používány jako probiotika. Z trávicího traktu volně žijících primátů bylo v posledních letech popsáno několik nových druhů bifidobakterií. Je známo, že některé druhy bifidobakterií jsou hostitelsky specifické, zatímco jiné druhy jsou běžné u více různých hostitelů. Kromě toho mnoho fyziologických charakteristik bifidobakterií může být druhově nebo kmenově specifických. Uměle vytvořené prostředí zoologické zahrady je ideální pro přenos hostitelsky nespecifických tedy multi-hostitelských druhů.Cílem této práce byla izolace a analýza druhového zastoupení bifidobakterií v trávicím traktu kočkodanů držených v zoologických zahradách. Výsledky byly porovnány s druhovým zastoupením bifidobakterií u volně žijících primátů a dalších živočichů. Bifidobakterie byly kvantifikovány a izolovány pomocí kultivačního stanovení z trávicího traktu kočkodanů. Pro tuto práci byly použity vzorky od druhů - kočkodan Dianin (Cercopithecus diana), kočkodan husarský (Erythrocebus patas), kočkodan Campbellův (Cercopithecus campbelli), kočkodan bělonosý (Cercopithecus nictitans), kočkodan talapoin (Miopithecus talapoin), kočkodan Brazzův (Cercopithecus neglectus) a kočkodan zelený (Chlorocebus sabaeus). Pro identifikaci získaných izolátů bifidobakterií na rodovou úroveň byla použita metoda detekce enzymu fruktόzo-6-fosfát fosfoketolázy (F6PPK) a bifidobakteriální izoláty byly následně identifikovány pomocí sekvenace genu 16S rRNA. Bylo zjištěno, že bifidobakterie se vyskytovaly u pěti ze sedmi testovaných druhů kočkodanů. Pomocí sekvenace byly identifikovány druhy B. angulatum, B. pseudocatenulatum a B. animalis subsp. lactis. Jedná se o multi-hostitelské druhy, které jsou typické pro člověka a zároveň se vyskytují u dalších živočichů. Což přináší zajímavé poznatky o společných druzích bifidobakterií u starosvětských opic a u člověka. Dále detekovaný druh B. asteroides je typický pro hmyz se sociálním způsobem života a jeho přítomnost u kočkodanů je pravděpodobně v důsledku obsahu hmyzu v dietě. Také se podařilo izolovat bakterii rodu Alloscardovia sp., která jakožto i bifidobakterie náleží do čeledi Bifidobacteriaceae.

Abstract:

Bifidobacteria are among the most common genera of bacteria found in digestive tract of humans and animals, which help to stabilize the balance of intestinal microbiota and thus favorably affect the health of the host. For their positive properties, bifidobacteria are often used as probiotics. From the digestive tract of wild primates, several new species of bifidobacteria have been described in recent years. It is known that some species of bifidobacteria are host-specific, while other species are common in several different hosts. In addition, many physiological characteristics of bifidobacteria may be species or strain specific. The artificially created environment of the zoo is ideal for transfering host non-specific multi-host species.The aim of this work was the isolation and analysis of the species representation of bifidobacteria in the gastrointestinal tract of marmosets kept in zoos. The results were compared with the species distribution of bifidobacteria in wild primates and other animals. Bifidobacteria were quantified and isolated by culture assay from the digestive tract of marmosets. For this work were used samples of the species – Diana Monkey (Cercopithecus diana), Patas Monkey (Erythrocebus patas), Campbell's Monkey (Cercopithecus campbelli), Putty-nosed Monkey (Cercopithecus nictitans), Southern Talapoin Monkey (Miopithecus talapoin), De Brazza's Monkey (Cercopithecus neglectus) and Green Monkey (Chlorocebus sabaeus). The method of detection of the enzyme fructose-6-phosphate phosphoketolase (F6PPK) was used to identify the obtained bifidobacteria isolates at the genus level and the bifidobacterila isolates were subsequently identified by 16S rRNA gene sequencing.It was found that bifidobacteria occured in five out of seven tested species of marmosets. By sequencing were identified species B. angulatum, B. pseudocatenulatum and B. animalis subsp. lactis. These are multi-host species that are typical of humans and occur also in other animals. It brings interesting insights into the common species of bifidobacteria in old-world monkeys and humans. Furthermore the species B. asteroides is typical for insects with a social lifestyle and its presence in marmosets is probably due to the insect content of the diet. It was also managed to isolate the bacterium of the genus Alloscardovia sp., which as well as the bifidobacteria belong to the family Bifidobacteriaceae.

Klíčová slova

Bifidobacterium sp., kočkodan, kultivace, identifikace, sekvenace 16S rRNA

Keywords

Bifidobacterium sp., marmoset, cultivation, identification, sequencing 16S rRNA

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 4. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: doc. Ing. Věra Neužil Bunešová, Ph.D.

Česká zemědělská univerzita v Praze

Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů

Bakalářský studijní program / obor:
Zootechnika / Speciální chovy