Struktura a vizualizace proteinových tunelů

Bc. Anna ŠPAČKOVÁ

Diplomová práce

Structure and visualization of protein tunnels

Anotace:

Práce analyzuje struktury tunelů v proteinech v databázi ChannelsDB a z výsledků MOLEonline spolu s jejich vlastnostmi a predikcí možných procházejících molekul. Dalším cílem bylo napsat program, který vizualizuje tunely ve 2D reprezentaci spolu s aminokyselinovým zastoupením na povrchu tunelu v proteinech. Dosažení výsledků bylo uskutečněno především pomocí vlastních kódů napsaných v programovacím jazyce Python, výsledků výpočtu z MOLEonline a dat uložených v ChannelsDB. Výsledky umožňují jednodušší integraci dat o tunelech v proteinech do databáze ChannelsDB.

Abstract:

This work analyzes the structures of tunnels in proteins in the ChannelsDB database and results from MOLEonline, along with their properties and predictions of possible passing molecules. Another goal was to write a program that visualizes tunnels in a 2D representation along with the amino acid representation on the tunnel surface in proteins. Achieving the results was primarily accomplished using custom codes written in the Python programming language, computational results from MOLEonline, and data stored in ChannelsDB. The results allow for easier integration of the protein tunnel data into the ChannelsDB database

Klíčová slova

Tunely, póry, kanály, protein, aminokyselina, enzym, substrát, transport, fyzikálně-chemické vlastnosti, úzké hrdlo, molekula, ionty, ligandy.

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Bioinformatika