Určení pohlaví u dětí a nedospělých jedinců z eneolitického pohřebiště Hoštice 1 za Hanou - analýza DNA

Mgr. Michaela Vaňharová, Ph.D.

Doctoral thesis

Sex determination in children and juvenile individuals from eneolithic burial site Hoštice 1 za Hanou - DNA analysis

Abstract:

Předložená disertační práce se zabývá zavedením a aplikací molekulárně-biologických metod pro determinaci pohlaví a jejich aplikací na soubor kosterních pozůstatků dětí a nedospělých jedinců z eneolitického pohřebiště Hoštice 1 za Hanou. Toto unikátní pohřebiště lidu kultury zvoncovitých pohárů bylo objeveno v roce 2002 a patří mezi největší ve střední Evropě. Cílem této práce je tedy určení pohlaví u vybraného souboru vzorků na základě amplifikace vybraných markerů – SRY gen a gen pro amelogenin. SRY gen se nachází na Y pohlavním chromozomu a kóduje protein regulující vývoj samčích pohlavních znaků u savců. Tento marker umožňuje přímou amplifikaci jedinců mužského pohlaví na základě přítomnosti amplifikačního produktu a nepřímou identifikaci jedinců pohlaví ženského. Gen pro amelogenin, který se nachází na obou pohlavních chromozomech poskytuje amplifikační produkty pro obě pohlaví, které je možné odlišit na základě rozdílné délky vlivem delece na X chromozomu ve vybraném úseku. V první fázi studie byly zavedeny protokoly pro práci s historickou DNA a vybrány a optimalizovány metody pro přípravu vzorků, izolaci DNA, amplifikaci vybraných markerů a detekci produktů. Celkem bylo analyzováno 53 vzorků kosterních pozůstatků dětí a nedospělých jedinců v různém stavu zachovalosti. Metodou amplifikace úseku z genu pro SRY bylo určeno celkem 43 jedinců, stejně jako amplifikací úseku z genu pro amelogenin. Kombinací obou markerů bylo určeno shodně celkem 21 jedinců, u 5 jedinců nebylo pohlaví určeno ani jedním z markerů. Získané výsledky byly srovnány a diskutovány s určením archeologickým, tedy na základě uložení jedinců a hrobových milodarů.

Abstract:

his PhD thesis is focused on introduction and application of molecular genetics methods of sex determination on skeletal remains of children and juvenile individuals from eneolithic burial site Hoštice 1 za Hanou. This unique burial ground of people of bell-shaped beakers culture was discovered in 2002 and belongs to the biggest found in central Europe The aim of this thesis is therefore sex determination based on sex-dependent genetic markers, such as SRY and amelogenin gene. SRY is localized on Y chromosome, codes for testes determining factor and allows direct determination of males. Female samples are thus identified when no amplification product is obtained. Amelogenin gene is localized both on X and Y chromosome and bears deletion in its first intron on X chromosome. Therefore, the PCR amplification of this particular locus can give two different amplification products that can be visualised by agarose electrophoresis. To obtain relevant results, the up-to-date protocols for manipulation with ancient DNA (aDNA) were chosen and optimized. These protocols include contamination free isolation of aDNA, amplification of specific markers and visualization of PCR products. The studied set contained 53 skeletal remains of children or immature individuals in different stages of decay or preservation. By SRY or amelogenin PCR amplification 43 individuals were determined. By both markers 21 individuals were confirmed, in 5 individuals the determination was not possible. Obtained results were discussed with archeological sex determination eg. body imposition or grave inventary.

Keywords

aDNA, amelogenin, děti, eneolit, Hoštice 1 za Hanou, nedospělí jedinci, pohlaví, SRY

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 15. 8. 2008

Thesis defence

• Date of defence: 22. 9. 2008
• Supervisor: doc. RNDr. Eva Drozdová, Ph.D.
• Reader: doc. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D., doc. RNDr. Milan Thurzo, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Doctoral programme / field:
Biology (4-years) / Anthropology