Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu veslonozí a plameňáci u nesyta afrického (Mycteria ibis).

Martina JANYŠKOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Pelecaniformes and Phoenicopteriformes in yellow-billed stork (Mycteria ibis).

Abstract:

Vypracovala jsem bakalářskou práci na téma cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu veslonozí a plameňáci u nesyta afrického (Mycteria ibis), ve které jsem se snažila o nalezení polymorfních mikrosatelitových markerů. V teoretické části své bakalářské práce jsem se zabývala popisem řádu brodiví a jeho 5 čeledí. Podrobněji jsem se věnovala čeledi čápovití (Ciconiidae), kam patří i nesyt africký. Zpracovala jsem informace o životě a chování tohoto druhu. Dále jsem se zabývala repetitivními sekvencemi, jejich strukturou, vlastnostmi a možností využití pro populační studie. V posledním oddíle teoretické části jsem popsala navrhování mikrosatelitů de novo a metodou cross-species PCR amplifikace, také jsem shromáždila informace o mikrosatelitových lokusech navržených pro plameňáky (Phoenicopteriformes) a veslonohé (Pelecaniformes). Praktickou část bakalářské práce jsem věnovala hledání polymorfních lokusů u nesyta afrického metodou cross-species PCR amplifikace mikrosatelitových primerů. Otestovala jsem všechny páry primerů odvozené od druhů z řádu plameňáci a veslonozí. Z celkového počtu 207 párů primerů jsem nalezla 37 polymorfních u nesyta afrického. 8 párů primerů pocházelo od 2 druhů plameňáků a 29 párů primerů od druhů z řádu veslonozí. Celkem jsem nalezla 38 polymorfních lokusů, protože 1 pár primerů odvozený od kormorána galapážského (Phalacrocorax harrisi) amplifikoval 2 polymorfní lokusy. Počet alel na lokus se pohyboval od 2 do 7.

Abstract:

I worked out a bachelor thesis on the topic Cross-species amplification of microsatellites from Pelecaniformes and Phoenicopteriformes in yellow-billed stork (Mycteria ibis). I tried to find out polymorphic microsatellite markers. In the theoretical part of my bachelor thesis I dealt with description of the order Ciconiiformes and its 5 families. In great details I dealt with family Ciconiidae where yellow-billed stork belong. I compiled informations about life and behavior of this species. Further I dealt with repeat sequences its structure, properties and utilization in population studies. In a last chapter of theoretical part I described a design of primers de novo and cross-species PCR amplification I also compiled informations about Pheonicopteriformes and Pelecaniformes microsatellite loci. In the experimental part, I looked for polymorphic microsatellite loci by cross-species PCR amplification of microsatellite primers. I tested all primer pairs derived from species belonging to orders Pheonicopteriformes and Pelecaniformes. I found 37 polymorphic microsatellite primer pairs of the total 207 tested. 8 primer pairs derived from 2 species of the order Pheonicopteriformes and 29 primer pairs derived from Pelecaniformes. I found 38 polymorphic loci, because one primer pair derived from flightless cormorant (Phalacrocorax harrisi) amplified 2 polymorphic loci. Number of alleles per locus ranged from 2 to 7

Keywords

cross-species, mikrosatelity, nesyt africký

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 22. 7. 2014

Accessible from:: 22. 7. 2014

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY IN OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology