Studium dlouhých nekódujících RNA u pacientů s renálním karcinomem

Bc. Alexandra Kondelová

Master's thesis

Study of long non-coding RNAs in patients with renal cell carcinoma

Abstract:

Renal cell carcinoma (RCC) is the most common kidney cancer, it is typical by its chemo- and radioresistence and early onset of relapse. In this moment, it is not possible to predict the clinical course of the disease sufficiently sensitively what leads to the need of studying new molecular biomarkers. This work was focused on a study of long noncoding RNAs (lncRNAs), a group of potential diagnostic and prognostic biomarkers that regulate gene expression at transcriptional and posttranscriptional levels. The aim of this work was to analyze the expression of selected lncRNAs GAS5 and H19 in samples of patients with RCC, analysis of the relation of lncRNA expression to clinical-pathological parameters (clinical stage, grade, desease-free survival). Subsequently, on the basis of the results IncRNA GAS5 was selected for functional characterization by in vitro assays. The GAS5 level was decreased by siRNA and effects on proliferation, migration, clonogenicity and cell apoptosis and cell cycle regulation were observed.

Abstract:

Renální buněční karcinom (RCC) je nejčastějším nádorovým onemocněním ledvin, je typický chemo- a radiorezistencí a časným nástupem relapsu. V současnosti není možné dostatečně citlivě předikovat klinický průběh onemocnění, což vede k potřebě studia nových molekulárních biomarkerů. Tato práce byla zaměřena na studium dlouhých nekódujících RNA (lncRNA), skupinu potenciálních diagnostických a prognostických biomarkerů, které regulují genovou expresi na transkripční a postranskripční úrovni. Cílem této práce byla analýza exprese vybraných lncRNA GAS5 a H19 ve vzorcích pacientů s RCC, analýza vztahu exprese lncRNA ke klinicko-patologickým parametrům (klinické stádium, grade, doba bezpříznakového přežití). Následně byla na základě výsledků zvolena lncRNA GAS5 na funkční charakterizaci pomocí in vitro testů. Hladina GAS5 byla utlumena pomocí siRNA a byl pozorován vliv na proliferaci, migraci, klonogenicitu a apoptózu buněk a regulaci buněčného cyklu.

Kľúčové slová

renální bunkový karcinom, RCC, dlouhé nekódující RNA, lncRNA, GAS5, H19, prognostické markery, in vitro charakterizace, renal cell carcinoma, long noncoding RNA, prognostic markers, in vitro characterization

Jazyk práce: Slovak

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 11. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 6. 6. 2017
• Vedúci: doc. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biochemistry / Analytical Biochemistry