User-friendly interface and monitoring application for ETL tool used by biobanks

Bc. Jonáš Jadrníček

Diplomová práce

Anotace:

Cílem této diplomové práce je rozšíření existujícího ETL nástroje (FHIR modul), který slouží k harmonizaci lékařských dat do standardu HL7 FHIR. Dvě hlavní oblasti na které se práce soustředí jsou absence grafického uživatelského rozhraní a nedostatečný monitoring původního řešení. Hlavními cíly práce je zjednodušení procesu konfigurace ETL nástroje po jeho nasazení a přidání možnosti monitorovat běh transformačí aplikace. Text práce je rozdělen na teoretický úvod, který se soustředí na uvedení do problematiky biobank a standardizace zdravotnických dat. Druhá část práce popisuje návrh a implementaci nové webové aplikace, která zjednodušuje konfiguraci harmonizačního procesu formou interaktivního průvodce a umožňuje validaci správnosti tohoto procesu. Součástí řešení je také návrh a integrace monitorovacího systému založeného na technologiích Prometheus, Loki a Grafana Cloud, který zajišťuje sběr metrik a logů. Implementací uživatelsky přívětivého rozhraní a monitoringu podporuje tato práce přijetí existujícího řešení novými biobankami a usnadňuje proces pozorování a kontroly běhu aplikace.

Abstract:

The aim of this thesis is to extend the existing ETL tool (FHIR module) for medical data harmonization to the HL7 FHIR format. The two primary goals of this thesis are to implement a graphical user interface and extend an existing monitoring solution. The thesis is divided into two parts. The first part focuses on the theoretical foundation of biobanking and the challenges of medical data standardization. The second part describes the design and implementation of a new web application and a new monitoring solution. The web application aims to provide a user interface for controlling the tool, rather than a command line, and simplify the configuration of the harmonization process by introducing wizard-like functionality and validation capabilities. Additionally, a monitoring solution based on Prometheus, Loki, and Grafana Cloud is implemented to handle log collection and metric visualization. By introducing a user-friendly interface, the newly developed application eases the adoption of the ETL tool with new biobanks. The monitoring extension enhances the observability and simplifies bug fixing.

Keywords

HL7 FHIR, biobanking, BBMRI-ERIC, ETL, harmonization, monitoring, observability, User Experience, web application

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 12. 2025

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 3. 2. 2026
• Vedoucí: Mgr. Zdenka Dudová, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Rudolf Wittner

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Softwarové inženýrství / Návrh a vývoj softwarových systémů