Charakteristika RNA viromu bezu černého (Sambucus nigra)

Hana NOVOTNÁ

Bakalářská práce

RNA virome characterisation of elder (Sambucus nigra)

Anotace:

Bakalářská práce pojednává o virech infikujících bez černý (Sambucus nigra L.). Teoretická část krátce charakterizuje bez černý a dále se zabývá taxonomií virů infikujících bez černý, jejich okruhem hostitelů a příznaky, které na nich způsobují, jejich geografickým rozšířením, způsoby přenosu a molekulární charakteristikou. Konkrétně popisuje viry Cherry leaf roll virus (CLRV), Arabis mosaic virus (ArMV), Tomato black ring virus (TBRV), Tomato ringspot virus (ToRSV), Tobacco ringspot virus (TRSV), Cherry rasp leaf virus (CRLV) a Strawberry latent ringspot virus (SLRSV) z čeledi Secoviridae, Sambucus virus S (SVS), Apple mosaic virus (ApMV) a Cucumber mosaic virus (CMV) z čeledi Bromoviridae, viry z rodu Carlavirus (čeleď Betaflexiviridae), Elderberry latent virus (ELV), Tomato bushy stunt virus (TBSV) a Tobacco necrosis virus (TNV) z čeledi Tombusviridae a Tobacco mosaic virus (TMV) z čeledi Virgaviridae. Praktická část je zaměřena na detekci virů ze vzorků listů bezu. Vzorky byly testovány na přítomnost CLRV, ArMV, ApMV, viry rodu Carlavirus, TBRV a SLRSV. Byla potvrzena přítomnost CLRV, virů z rodu Carlavirus a ArMV. Ze 40 testovaných vzorků byl CLRV detekován ve 12 z nich, viry rodu Carlavirus ve 21 z nich a ArMV byl přítomen jen v jednom vzorku. U některých bezů se vyskytla směsná infekce způsobená viry CLRV a carlaviry.

Abstract:

The bachelor thesis is about viruses that infect black elderberry (Sambucus nigra L.). Theoretical part briefly characterizes black elderberry. Than it talks about the taxonomy of viruses infecting black elderberry, their host range, the symptoms they cause, their geografical distribution, the manners of transmition and their molecular characterization. Particularly, it describes viruses Cherry leaf roll virus (CLRV), Arabis mosaic virus (ArMV), Tomato black ring virus (TBRV), Tomato ringspot virus (ToRSV), Tobacco ringspot virus (TRSV), Cherry rasp leaf virus (CRLV) and Strawberry latent ringspot virus (SLRSV) from the family Secoviridae, Sambucus virus S (SVS), Apple mosaic virus (ApMV) and Cucumber mosaic virus (CMV) from the family Bromoviridae, viruses of the genus Carlavirus (family Betaflexiviridae), Elderberry latent virus (ELV), Tomato bushy stunt virus (TBSV) and Tobacco necrosis virus (TNV) from the family Tombusviridae and Tobacco mosaic virus (TMV) from the family Virgaviridae. The experimental part is focused on the detection of viruses in samples of elderberry leaves. The samples were tested for the presence of CLRV, ArMV, ApMV, viruses of the genus Carlavirus, TBRV and SLRSV. The presence of CLRV, viruses of the genus Carlavirus and ArMV was confirmed. Out of the 40 tested samples CLRV was present in 12 of them, the viruses of the genus Carlavirus were present in 21 of them and ArMV was detected in a single sample. Some elderberries suffered mixed infection of CLRV and carlaviruses.

Klíčová slova

RNA viry, +ssRNA, bez černý, RT-PCR, Nepovirus, Carlavirus, Cherry leaf roll virus, Arabis mosaic virus, Tomato black ring virus, Apple mosaic virus, Strawberry latent ringspot virus

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 3. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Mgr. Dana Šafářová, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie