Modul statické a dynamické analýzy pro e-photosynthesis.org

Bc. Aleš Pejznoch

Bakalářská práce

Static and dynamic analysis module for e-photosynthesis.org

Anotace:

Práce se zabývá návrhem a implementací modulu statické a dynamické analýzy pro portál e-photosynthesis.org. Nejprve text popisuje biologický model, simulaci vývoje modelu v průběhu času a statickou analýzu. Následuje popis datových formátů využívaných v systémové biologii. Dále je uveden přehled online analyzačních nástrojů a výběr nástrojů využívajících SBML. Praktická část textu se věnuje návrhu a implementaci. V závěru práce jsou shrnuty dosažené výsledky.

Abstract:

This thesis deals with the design and implementation of the static and dynamic analysis module for the portal e-photosynthesis.org. First, the text describes the biological model, time-course simulation and static analysis. Then data formats used in systems biology are described. Next is a list of online analysis tools and a selection of tools using SBML. The practical part of the text deals with design and implementation. The conclusion discusses acquired outcomes.

Klíčová slova

e-photosynthesis.org, SBML, SBRML, biologický model, simulace, stechiometrická matice, analýza elementárních módů, konzervace hmot, statická analýza

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 3. 1. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 2. 2013
• Vedoucí: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika