Automatizovaná parametrizácia programu TE-greedy-nester pre vyhľadávanie transpozónov v genómových sekvenciách

Bc. Jakub Horváth

Bakalářská práce

Automatic parametrization of TE-greedy-nester, a computational full-length LTR-retrotransposon search tool

Anotace:

TE-greedy-nester je nástroj na detekciu zanorených LTR-retrotranspozónov. Tieto však zvyknú obsahovať veľké množstvo mutácií spôsobených ich migráciou. Je tak náročné vyvinúť skutočne všeobecný nástroj na detekciu takýchto sekvencií. Podobný problém sa naskytol aj pri TE-greedy-nesteri, ktorého výsledky obsahovali veľké množstvo falošne pozitívnych výsledkov. Cieľom tejto práce je zanalyzovať správanie nástroja TE-greedy-nester v spojitosti s meniacimi sa parametrami a pokúsiť sa zlepšiť presnosť jeho výsledkov. S týmto cieľom bol vytvorený nástroj TEster, ktorý má za úlohu detekovať najlepšiu konfiguráciu pre TE-greedy-nester a dosiahnuť tak zlepšené výsledky od programu. Táto práca popisuje použité koncepty a postup pri vývoji.

Abstract:

TE-greedy-nester is a tool designed to detect nested full-length retrotransposon sequences. However, these are prone to contain high levels of variation, as is often the case with biological sequences, due to changes caused by mutation and migration, which occur in transposons rather often. It is, therefore, difficult to develop a truly universal and precise tool for this purpose. This was also the case with TE-greedy-nester, where initial results contained many false positives. The aim of this work is to analyze the tool’s behavior in relation to its parameters and try to optimize its accuracy through these parameters. With that in mind, a toolchain called TEster that wraps the TE-greedy-nester functionality was developed. This thesis describes the approaches and tools used in the process in order to achieve improved and more precise results from the program.

Keywords

analysis, bioinformatics, LTR finder, optimisation, parametrisation, retrotransposons, TE-nester

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 5. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 6. 2020
• Vedoucí: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: Ing. Pavel Jedlička, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika