Zpět na vyhledávání

Bc. Jakub Horváth

Bachelor's thesis

Automatizovaná parametrizácia programu TE-greedy-nester pre vyhľadávanie transpozónov v genómových sekvenciách

Automatic parametrization of TE-greedy-nester, a computational full-length LTR-retrotransposon search tool
Abstract:
TE-greedy-nester je nástroj na detekciu zanorených LTR-retrotranspozónov. Tieto však zvyknú obsahovať veľké množstvo mutácií spôsobených ich migráciou. Je tak náročné vyvinúť skutočne všeobecný nástroj na detekciu takýchto sekvencií. Podobný problém sa naskytol aj pri TE-greedy-nesteri, ktorého výsledky obsahovali veľké množstvo falošne pozitívnych výsledkov. Cieľom tejto práce je zanalyzovať správanie …more
Abstract:
TE-greedy-nester is a tool designed to detect nested full-length retrotransposon sequences. However, these are prone to contain high levels of variation, as is often the case with biological sequences, due to changes caused by mutation and migration, which occur in transposons rather often. It is, therefore, difficult to develop a truly universal and precise tool for this purpose. This was also the …more
 

Keywords

analysis bioinformatics LTR finder optimisation parametrisation retrotransposons TE-nester
 
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 26. 5. 2020
Identifier: https://is.muni.cz/th/sf3sl/

Thesis defence

  • Date of defence: 26. 6. 2020
  • Supervisor: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
  • Reader: Ing. Pavel Jedlička, Ph.D.

Citation record

Cite this text

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatiky
Složka Reference to the local database directory of the institution

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / field:
Applied Informatics / Bioinformatics

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.