Automatizovaná parametrizácia programu TE-greedy-nester pre vyhľadávanie transpozónov v genómových sekvenciách – Bc. Jakub Horváth
Bc. Jakub Horváth
Bachelor's thesis
Automatizovaná parametrizácia programu TE-greedy-nester pre vyhľadávanie transpozónov v genómových sekvenciách
Automatic parametrization of TE-greedy-nester, a computational full-length LTR-retrotransposon search tool
Anotácia:
TE-greedy-nester je nástroj na detekciu zanorených LTR-retrotranspozónov. Tieto však zvyknú obsahovať veľké množstvo mutácií spôsobených ich migráciou. Je tak náročné vyvinúť skutočne všeobecný nástroj na detekciu takýchto sekvencií. Podobný problém sa naskytol aj pri TE-greedy-nesteri, ktorého výsledky obsahovali veľké množstvo falošne pozitívnych výsledkov. Cieľom tejto práce je zanalyzovať správanie …viacAbstract:
TE-greedy-nester is a tool designed to detect nested full-length retrotransposon sequences. However, these are prone to contain high levels of variation, as is often the case with biological sequences, due to changes caused by mutation and migration, which occur in transposons rather often. It is, therefore, difficult to develop a truly universal and precise tool for this purpose. This was also the …viac
Jazyk práce: English
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 5. 2020
Identifikátor:
https://is.muni.cz/th/sf3sl/
Obhajoba závěrečné práce
- Obhajoba proběhla 26. 6. 2020
- Vedúci: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
- Oponent: Ing. Pavel Jedlička, Ph.D.
Citační záznam
Citace dle ISO 690:
HORVÁTH, Jakub. \textit{Automatizovaná parametrizácia programu TE-greedy-nester pre vyhľadávanie transpozónov v genómových sekvenciách}. Online. Bakalárska práca. Brno: Masarykova univerzita, Faculty of Informatics. 2020. Dostupné z: https://theses.cz/id/4ueipj/.
Plný text práce
Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:- světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Fakulta informatikyMasaryk University
Faculty of InformaticsBachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Bioinformatics