Inkorporace 18O do tryptických peptidů pro kvantifikaci proteinů

Bc. Aleš Voráč

Diplomová práce

Incorporation of 18O to tryptic peptides for protein quantification

Anotace:

Specifická kvantifikace proteinů je často prováděna metodami založenými na 2D-PAGE nebo pomocí hmotnostní spektrometrie. Kvantifikační metody na základě 2D-PAGE mají řadu nedostatků, například při analýze diskriminují proteiny s extrémním izoelektrickým bodem a molekulovou hmotností. Kvantifikace hmotnostní spektrometrií většinu nedostatků 2D-PAGE odstraňuje. Proteiny jsou hmotnostní spektrometrií kvantifikovány nejčastěji s využitím tzv. hmotnostních značek. Hlavní výhoda hmotnostní spektrometrie tkví v současné identifikaci a kvantifikaci proteinů. Teoretická část diplomové práce poskytuje přehled o nejpoužívanějších MS kvantifikačních technikách. Podrobněji jsou zmíněny metody využívající ke kvantifikaci proteinů izotopově značenou H218O. V praktické části byly testovány vlastnosti této metody s ohledem na její použitelnost v kvantifikaci po enzymovém štěpení prováděném ve směsi H216O/ H218O.

Abstract:

There are two primary strategies currently used for specific quantification of proteins: two-dimensional gel electrophoresis (2D-PAGE)-based methods and mass spectrometric methods. 2D-PAGE based quantification methods have many drawbacks, for example 2D-PAGE methods discriminate proteins with extreme isoeletric point or size. Quantification of proteins by mass spectrometry has eliminated most of the drawback. The quantification of proteins by mass spetrometry are usually based on so-called mass tags. Simultaneous identification and quantification of proteins are main advantages of mass spectrometry. The theoretical part of thesis provides an overview on the most commonly used methods based on mass spectrometry. Methods based on 18O stable isotope labelling are discussed in detail. In the experimental part of the thesis, we tested characteristics of this method with regard to quantification after enzymatic digestion in a mixture of H216O/H218O.

Klíčová slova

MALDI-TOF MS, ESI MS, 18O-značení, SILAC, ICAT, TMT, iTRAQ, AQUA, kvantifikace bez značek, kvantifikace proteinů, 18O-labeling, label-free quantification, quantification of proteins

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 28. 4. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 8. 6. 2010
• Vedoucí: Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Analytická biochemie