Molekulová dynamika dvou řetězců hyaluronanu ve směsných rozpouštědlech (virtuální experiment)

Bc. Alena Kolaříková

Master's thesis

Molecular-dynamics Simulations of two Hyaluronan Chains in Mixed Solvents (computer experiments)

Abstract:

Diplomová práce se zabývá simulací dvou řetězců hyaluronanu sodného ve směsných rozpouštědlech voda/1,4-dioxan a voda/terc-butanol za dvou různých koncentrací NaCl. Teoretická část práce shrnuje předchozí poznatky, v praktické části jsou představeny výsledky simulací, prováděných pomocí softwaru NAMD. Bylo zjištěno, že přítomnost organické složky a vyšší koncentrace soli podporují vzájemnou interakci řetězců, která v přítomnosti dioxanu vede k tvorbě dvojitých šroubovic.

Abstract:

The diploma thesis deals with two hyaluronan sodium chains simulations in water/1,4-dioxane and water/tert-butanol mixed solvents at two NaCl concentrations. What is already known us summarized in the theoretical part of this thesis, the results of simulations performed by software NAMD are presented in the practical part. It was found that the presence of an organic component and higher salt concentration cause d a higher intermolecular interactions, which in water/dioxane solution resulted in the double-helical structure.

Keywords

kyselina hyaluronová, virtuální simulace, molekulová dynamika, intermolekulární interakce, směsná rozpouštědla, vodíkové vazby

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 14. 5. 2021

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Eva Kutálková, Ph.D.

Tomas Bata University in Zlín

Faculty of Technology

Master programme / field:
Polymer Engineering / Inženýrství polymerů