Algoritmy pro tvorbu seznamu proteinů z hmotnostně spektrometrických dat – protein inference problem

Bc. Daniel Jaroň

Bachelor's thesis

Algorithms for preparation of the protein list from mass spectrometric data – protein inference problem

Abstract:

Hmotnostní spektrometrie je častá metoda při snaze o charakterizaci proteinového vzorku. Při standartním bottom-up experimentu se vzorky naštěpí enzymem a analyzují hmotnostní spektrometrií ve spojení s kapalinovou chromatografií, čímž vzniká velké množství fragmentačních spekter. Přiřazování spekter k peptidům a peptidů proteinům resp. zpětná rekonstrukce peptidů na proteiny (protein-inference problem) je úkol dnes řešený výhradně algoritmicky. Tato práce se věnuje vybraným algoritmům řešícím protein-inference problem a popisuje mechanismus algoritmu Protein-Prophet a úspěšnou implmentaci algoritmů Fido a Protein-Prophet. Na závěr je porovnána účinnost obou z postupů.

Abstract:

Mass spectrometry is frequent method, while trying to characterize protein sample. In standard bottom-up experiment, samples are digested by enzyme and analyzed by mass spectrometry combined with liquid chromatography, which produce great amount of fragmentation spectra. Matching such spectra to peptides, and peptides to proteins, respectively backward reconstruction of peptides to proteins (protein-inference problem) is task solved exclusively by algorithms. This thesis pays attention to certain algorithms solving protein-inference problem and describes mechanism of Protein-Prophet and successful implementation of algorithms Fido and Protein-Prophet. In the end, these approaches are compared.

Keywords

hmotnostní spektrometrie, bottom-up proteomika, protein-inference problem, algoritmy, Protein-Prophet, Fido, mass spectrometry, bottom-up proteomics, algorithms

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 16. 5. 2016

Thesis defence

• Date of defence: 15. 6. 2016
• Supervisor: Mgr. David Potěšil, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biochemistry / Chemoinformatics and Bioinformatics