Vývoj nástrojů pro analýzu kvality biomolekulárních modelů

Bc. Ondřej Balcárek

Diplomová práce

Development of tools for analysis of biomacromoleular models

Anotace:

Databáze Protein Data Bank obsahuje více než 150 000 struktur biomakromolekul. Přestože jsou struktury před vložením do databáze validovány, mohou obsahovat různé chyby, například vazby nestandardních délek, atypické vazebné a torzní úhly, atomy v příliš malé vzdálenosti od sebe, problémy s chiralitou, apod. Informace o kvalitě struktur jsou dostupné ve formě statických validačních reportů. V této diplomové práci jsou vytvořeny komponenty pro interaktivní zobrazení některých validačních informací. První komponentou, vytvořenou v rámci mé práce, je interaktivní aplikace pro zobrazení Ramachandranova grafu. Druhou komponentou jsou pak webové stránky, obsahující teoretický úvod k validaci biomakromolekulárních struktur. Součástí těchto stránek je i interaktivní validační report pro libovolnou strukturu z databáze Protein Data Bank.

Abstract:

The Protein Data Bank database contains more than 150 000 biomacromolecular structures. Despite the fact, that structures are validated before the deposition, they may contain errors, such as bond length deviation, atypical bond or torsion angles, too close contacts between atoms, chirality errors, etc. The information about quality of structures are avalible in a form of validation reports, which are static. In this diploma thesis, web components for interactive validation are developed. First of the components is an interactive application for display Ramachandran plot. The next part is website, which contains theoretical introduction to validation of biomacromolecular structures. A part of this website is an interactive validation report for any structure from Protein Data Bank.

Klíčová slova

interaktivní validace, kvalita struktury, Ramachandranův graf, interactive validation, structure quality, Ramachandran plot

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 11. 6. 2019
• Vedoucí: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Chemoinformatika a bioinformatika