Anotace eukaryotických transpozonů s ohledem na jejich možnou fragmentaci

Bc. Lucie Zukalová

Bakalářská práce

Annotation of eukaryotic transposable elements considering their possible fragmentation

Anotace:

Cílem bakalářské práce bylo vytvořit program, který bude hledat transpozony s ohledem na jejich fragmentaci. Protože se tyto mobilní elementy mohou pohybovat genomem, bývají do sebe vzájemně vnořené a to znemožňuje jejich nalezení. Program, který jsem napsala tuto skutečnost zohledňuje tím, že nalezené transpozony ze sekvence vystřihne a takto upravený soubor znovu prohledává. Díky tomu nalezne i elementy, které byly původně tak fragmentované, že jejich přesné určení nebylo možné.

Abstract:

The aim of this work was to implement a program, that searchs transposons according to their fragmentaition. Because of their ability to travel throw genome they are sink into each other and this condition is hard to recognize. My program cuts of found full-lenght transposons and this new sequence gives to program for new searching. Thanks to iterative search my program finds more transposons that only throw one search were not able to be found.

Klíčová slova

vyhledávání transpozonů, mobilní elementy, iterativní prohledávání, vzájemně vnořené transpozony

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 19. 6. 2015
• Vedoucí: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Oponent: Ing. Tomáš Martínek, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Bioinformatika