Molekulární charakteristika Apple chlorotic leaf spot virus

Veronika ŠEVČÍKOVÁ

Bachelor's thesis

Molecular characterization of Apple chlorotic leaf spot virus

Abstract:

Bakalářská práce byla zaměřena na molekulární charakteristiku a genetickou variabilitu Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV), jakožto celosvětově rozšířeného patogena ovocných jádrovin a peckovin. Teoretická část nejprve stručně shrnuje základní informace o ACLSV, charakterizuje rod Trichovirus a čeleď Betaflexiviridae, do kterých je ACLSV řazen. Teoretická část také popisuje geografické rozšíření viru. ACLSV byl detekován v oblastech zaměřených na pěstování ovocných dřevin, jeho rozšíření je téměř celosvětové. V práci jsou shrnuty biologické vlastnosti viru, mezi které řadíme hostitelský okruh viru, příznaky infekce, způsob přenosu a vliv infekce na výnos. ACLSV infikuje především rostliny z čeledi Rosaceae, a to jak planě rostoucí, tak pěstované druhy. Typickým příznakem infekce virem jsou chlorotické skvrny na listech, ale u mnoha druhů dřevin probíhá infekce latentní formou. Virus není přenášen na jiné rostliny pomocí pylu, semen ani žádným hmyzím vektorem. V práci jsou také popsány možné způsoby detekce viru a jeho molekulární charakteristika, především podrobnější je popis jednotlivých čtecích rámců ORF. Na závěr jsou uvedeny informace o doposud popsané genetické variabilitě izolátů ACLSV. Experimentální část bakalářské práce je zaměřena na stanovení celogenomické sekvence izolátů ACLSV získaných ze stromů Prunus domestica. Ze získaných PCR segmentů byla složena téměř úplná celogenomická sekvence českého izolátu 158. Fylogenetická analýza jednotlivých čtecích rámců testovaného izolátu potvrdila hostitelskou specifitu izolátu 158, ale také poměrně vysokou variabilitu ACLSV.

Abstract:

The bachelor thesis is focused on the molecular characteristics and genetic variability of Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV), as the worldwide distributed pathogen of pome and stone fruits. The theoretical part at first briefly summarizes basic information about ACLSV and characterizes genus Trichovirus and family Betaflexiviridae into which ACLSV is classified. The theoretical part also describes geographical distribution of the virus. ACLSV was detected in areas involving the cultivation of fruit trees, its distribution is nearly worldwide. It summarizes biological characteristics, such as the host range of the virus, symptoms of infection, mode of transmission and the impact of infection on yield. ACLSV infects especially plants of the family Rosaceae, both wild and cultivated species. Typical symptoms of virus infection are chlorotic spots on the leaves but the infection can be symptomless in many tree species. The virus is not transmissible to other plants by pollen, seeds or the insect vector. There are also described possible virus detection methods and the molecular characteristic, especially the description of the particular open reading frames ORF. In conclusion, there are provided information about genetic variability of isolates ALCSV mentioned before. The experimental part of this thesis is focused on determination of fullgenomic sequence of isolates ACLSV obtained from Prunus domestica. Almost complete fullgenomic sequence of the Czech isolate 158 was assembled from obtained PCR segments. Phylogenetic analysis of particular open reading frames of tested isolate confirmed host specifity of ACLSV isolates but also relatively high variability of ACLSV.

Keywords

Apple chlorotic leaf spot virus, Trichovirus, Rosaceae, ORF, genetická variabilita

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 5. 5. 2016

Accessible from:: 5. 5. 2016

Thesis defence

• Supervisor: prof. RNDr. Milan Navrátil, CSc.

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology