Optimalizace primerů pro PCR amplifikaci a následné sekvenování exonů genu PKD2

Kristián KOZÁK

Bachelor's thesis

PCR Primer optimisation for amplification and sequencing PKD2 exons

Abstract:

Polycystické onemocnění ledvin dominantního typu postihuje široké spektrum věkové kategorie a pro pacienty představuje určité omezení, či komplikace spojené s tímto onemocněním, ať už se jedná o nález cyst v orgánech nebo až nástup renální insuficience. Po obeznámení charakteristiky, průběhu, diagnózy a terapie onemocnění, jsem navrhnul nové primery ohraničující úseky různých exonů genu PKD2. Nové primery jsem testoval a optimalizoval teploty nasedání primerů gradientovou PCR. Amplifikované úseky jsem později poslal na sekvenaci a ověřil jejich identitu. Podařilo se mi optimalizovat primery pro amplifikaci a následnou sekvenaci 4 exonů genu PKD2. Jedním z těchto exonů je i exon 2, ve kterém se vyskytuje kauzální mutace způsobující onemocnění PCHLAD v rodině, ze které jsem získal vzorky pro svůj výzkum.

Abstract:

The dominant type of the kidney polycystic disease affects a wide age spectrum and it represents certain limitations or complications for the patients, whether it concearns a finding of cysts in the organs, or up to renal insufficiency. After the familiarization of the characteristics, progress, diagnosies and therapy, I suggested new primers bounding the sections of the different exons of the PKD2 gene. I tested the new primers, as well as optimalized the temperatures of annealing of the primers by the gradient PCR. I then sent the amplified sections to sequencing and verified their identity. I managed to optimalize the primers for the amplification and further sequencing of the four exons of the PKD2 gene. One of these exons is also the exon 2, in which we can find the casual mutation which causes the autosomal dominant polycystic kidney disease ran in family, from which I gathered the samples for my research.

Keywords

Polycystické onemocnění ledvin, gen PKD2, gen PKD1, mutace, optimalizace primerů, sekvenace, exon 2

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 10. 8. 2022

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Irena Hoštičková, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Sciences

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Zdravotní laborant