Enhancing the FAIRness of Gromacs software: Adding support to extract metadata in JSON/YAML formats

Bc. Róbert Randiak

Bakalářská práce

Anotace:

Cieľom tejto práce je adresovať problém nedostatku FAIR-ovosti - Findability (nájditeľnosť), Accessibility (prístupnosť), Interoperability (interoperabilita) a Reusability (opätovná použiteľnosť) - v dátach simulácií molekulovej dynamiky, so špecifickým zameraním na súbory generované pomocou populárneho softvéru Gromacs. Práca skúma nedostatky v serializácii týchto súborov, ktoré sú hlavným faktorom prispievajúcim k nedostatku FAIR-ovosti. Tento problém je najskôr analyzovaný, potom je je navrhnuté riešenie, následne je toto riešenie implementované a testované. Navyše sú zmeny v implementácií organizované tak, aby toto riešenie mohlo byť akceptované do oficiálnej distribúcie Gromacs.

Abstract:

The objective of this thesis is to address the issue of the lack of FAIR- ness (Findability, Accessibility, Interoperability, and Reusability) in molecular dynamics simulation data, with a specific focus on datasets generated using the popular software Gromacs. The thesis examines the deficiency in serialization of these datasets, which is a primary factor contributing to the lack of FAIRness. Throughout the thesis, this issue is explored, and a new design for the Gromacs dump tool is proposed, implemented, and tested. Furthermore, implementation changes are arranged so that this solution can be accepted into official Gromacs distribution.

Keywords

Molecular dynamics simulations, Gromacs software, FAIR principles, metadata generation, metadata serialization

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 6. 2024
• Vedoucí: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Ing. Tomáš Svoboda

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Informatika / Informatika