Studium protein-proteinových interakcí pomocí kombinace afinitní purifikace a kvantitativní hmotnostní spektrometrie u bioloužicích bakterií

Bc. Marek Šťavík

Master's thesis

Study of protein-protein interactions using a combination of affinity purification and quantitative mass spectrometry in bioleaching bacteria

Abstract:

Tato diplomová práce se zabývá studiem protein-proteinových interakcí mezi proteiny zapojených v aerobním či anaerobním metabolismu u bioloužicích bakterií,konkrétně u acidofilní bakterie Acidithiobacillus ferrooxidans. Praktická část byla zaměřena na Hip protein, který zřejmě slouží jako přenašeč elektronů v anaerobním metabolismu. Byla zoptimalizována metoda pro jeho imobilizaci na povrch paramagnetických agarosových kuliček ve fyziologických podmínkách při kyselém pH. Poté bylo identifikováno několik potenciálních interakčních partnerů Hip proteinu účastnících se energetického metabolismu buňky. Dále se praktická část zabývala studiem glutathion vázajících proteinů, které přenášejí aktivovanou síru ve formě polysulfidového glutathionu v oxidačního metabolismu síry. Bylo identifikováno několik proteinů, mezi kterými byl nalezen protein TusA, pravděpodobný transportér polysulfidického glutathionu v sirném metabolismu.

Abstract:

This diploma thesis deals with the study of protein-protein interactions of proteins involved in aerobic or anaerobic metabolism in bioleaching bacteria, specifically in the acidophilic bacteria Acidithiobacillus ferrooxidans. The practical part was focused on Hip protein, which seems to serve as an electron carrier in anaerobic metabolism. A method for its immobilization on the surface of paramagnetic agarose beads under physiological conditions at low pH was optimized. Several potential interaction partners of Hip protein involved in cellular energy metabolism were identified. Furthermore, the practical part deals with the study of glutathione-binding proteins that transport activated sulfur in the form of polysulfide glutathione in the sulfur oxidative metabolism. Several proteins were identified, among which was the TusA protein, a likely transporter of polysulfidic glutathione in sulfur metabolism.

Keywords

bioloužicí bakterie, Acidithiobacillus ferrooxidans, protein-proteinové interakce, Hip protein, glutathion-vazebné proteiny, energetický metabolismus, bioleaching bacteria, protein-protein interactions, glutathione-binding proteins, energy metabolism

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 19. 5. 2022

Thesis defence

• Date of defence: 15. 6. 2022
• Supervisor: Mgr. Jiří Kučera, Ph.D.
• Reader: doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biotechnology / Biotechnology