Studium strukturních změn proteinů metodou H/D exchange spojené s hmotnostní spektrometrií a limitovanou proteolýzou

Bc. Světlana Lučanová

Diplomová práce

Study of structure changes of proteins using H/D exchange method conected with mass spectrometry and limited proteolysis

Anotace:

Proteiny jsou nepostradatelnou součástí všech živých organismů, v nichž zastupují různorodé, životně důležité funkce. Změny ve struktuře proteinů po interakci s ligandem hrají velmi důležitou roli ve funkci samotného proteinu, vliv mají také na chování celé buňky v procesu nádorové přeměny. Tato diplomová práce se zabývá analýzou změn ve struktuře proteinu ubikvitin konjugačního enzymu E2 D1 (UB2D1_HUMAN, P51668), k nimž dochází po jeho interakci s ligandem, peptidem P8. Analýza byla provedena pomocí metody vodík/deuteriové výměny ve spojení s hmotnostní spektrometrií. Uvedená technika je vhodná pro studium strukturních a konformačních změn proteinových komplexů a umožňuje sledovat jejich dynamiku v závislosti na zvolených experimentálních podmínkách.

Abstract:

Proteins are an essential part of all living organisms and they are involved in a diverse spectrum of vital functions. Protein structure modifications as a result of specific ligand interactions have significant effect to protein function and thus play an important role in cell behaviour in neoplastic transformation process. Diploma thesis is focused on analysis of structural changes in ubiquitin-conjugating enzyme E2 D1 (UB2D1_HUMAN, P51668) occurring after its interaction with peptide P8 ligand. Hydrogen/deuterium exchange connected with mass spectrometry was used as a technique suitable for the study of structural and conformation changes of protein complexes and monitoring their dynamics in relation to specific experimental conditions.

Klíčová slova

H/D výměna, limitovaná proteolýza, hmotnostní spektrometrie, struktura proteinů, UB2D1, p53, Mdm2, ubikvitinace H/D exchange, limited proteolysis, mass spectrometry, structure of proteins, ubiquitination

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 3. 6. 2015
• Vedoucí: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Analytická biochemie