Library for clinical data transformation into HL7 FHIR format in range of a component of federated search for biobank biospecimen and data

Bc. Šimon Koňár

Bakalářská práce

Anotace:

Cieľom tejto bakalárskej práce je implementácia knižnice v programovacom jazyku Python pre európske biobanky, ktorá im pomôže ľahko transformovať informácie z klinických údajov do štandardu FHIR. Prvá časť práce je zameraná na skúmanie pozadia digitalizácie v zdravotníctve, štandardu FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources) a jeho možností využitia naprieč zdravotníckymi procesmi. Popis pôvodu biobánk spolu s ich účelom je taktiež uvedený. Druhá časť tejto práce sa zameriava na implementáciu Python knižnice zameranej na biobanky. Táto knižnica je nahraná do Python Package Index (PyPI). K tejto novovytvorenej knižnici je poskytnutá rozsiahla dokumentácia.

Abstract:

This bachelor's thesis aims to implement a Python library for European biobanks to help them easily transform information of clinical data into the FHIR standard. The first part of the thesis focuses on exploring the background of digitalization in the healthcare industry, the Fast Healthcare Interoperability Resources (FHIR) standard, and its capabilities of use across the healthcare processes. A description of the origin of the biobanks, along with their purpose, is provided. The second part of this thesis focuses on the implementation of the biobank-focused Python library. This library is uploaded to the Python Package Index (PyPI). Extensive documentation for this newly created library is provided.

Keywords

FHIR, BBMRI, HL7, MIABIS, biobank, Python library, PyPI, clinical data

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 1. 7. 2022
• Vedoucí: Mgr. Zdenka Dudová, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Viktória Spišaková

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Informatika / Informatika