Genetické faktory u systémového lupus erythematosus: review literatury a metaanalýza

Mgr. Lenka Puczoková

Bakalářská práce

Genetic factors in systemic lupus erythematosus: literature review and meta-analysis

Anotace:

Systémový lupus erythematosus je prototypem autoimunitního onemocnění, u něhož jsou imunitními reakcemi poškozovány vlastní tkáně organizmu, zejména pojivo. Jako systémový je označován proto, že jsou napadány různé orgánové systémy v těle, nejčastěji pohybový aparát, zejména klouby, ledviny, kůže, plíce a nervová soustava, příznaky onemocnění tedy mohou být velmi různorodé. Přes výrazný pokrok v medicíně a výzkumu tohoto onemocnění se stále jedná o závažnou a život ohrožující chorobu. Prvním z cílů práce bylo dostatečně se seznámit s daným onemocněním - s jeho příznaky, průběhem a léčbou. Dalším úkolem bylo zjistit, co je dnes již známo o dědičnosti tohoto onemocnění. Zjištěná fakta jsou uvedena ve druhé kapitole. Posledním úkolem bylo vypracovat metaanalýzu studií, které se zabývaly asociací určitého genu s rozvojem SLE. V kapitole 3 je uvedena obecná teorie metaanalýz; dvě vlastní metaanalýzy genu TLR9, konkrétně jeho dvou polymorfismů - rs352139 a rs187084 - jsou prezentovány v kapitolách 4 a 5. Studie prvního z uvedených polymorfismů splňovaly předpoklad homogenity, proto jsem k výpočtům použila "fixed effects" model metaanalýzy, konkrétně Mantel-Haenszelovu metodu, která se doporučuje zejména pro slučování menšího počtu studií. Přestože se mi nepodařilo prokázat statisticky významný efekt uvedené varianty pro vznik/rozvoj SLE, z grafického vyjádření je patrné, že jednotlivé genotypy pravděpodobně mají rozdílný efekt na manifestaci klinického fenotypu (genotyp AA spíše protektivní, kdežto genotyp GG spíše rizikový). Studie druhého polymorfismu (rs187084) podmínku homogenity nesplňovaly, proto jsem k výpočtům použila "random effects" metodu metaanalýzy, konkrétně model DerSimonian-Lairdové. Ani ve druhém případě se mi nepodařilo prokázat statisticky významný efekt některého z genotypů u SLE. Stejně jako u předchozího polymorfismu však jednotlivé genotypy měly pravděpodobně odlišný efekt na manifestaci SLE (genotyp TT byl spíše rizikový, genotyp CC spíše protektivní). Závěrem lze říci, že dosud publikovaná data neumožňují s jistotou říci, že se TLR9 gen uplatňuje v etiopatogenezi SLE; pro finální potvrzení příp. vyloučení vlivu variability v tomto genu na rozvoj SLE je zapotřebí mnohem vyšší počet prací (se zahrnutím většího počtu nemocných i zdravých osob) a jejich metaanalýza.

Abstract:

Systemic lupus erythematosus is a prototype of autoimmune disease in which the immune system reactions damage tissues of its own organism. It is described as systemic because various organ systems in the body are attacked, most commonly the musculoskeletal system, especially joints, kidneys, skin, lungs and the nervous system; symptoms may therefore be very diverse. Despite significant advances in medicine and research, SLE still remains a serious and life threatening disease. The first objective of this thesis was to study this disease sufficiently - its symptoms, course and treatment. Another challenge was to summarize already known facts about the inheritance of the disease. These facts are set out in the second chapter. The final task was to realize a meta-analysis of studies that investigated the association of a certain gene with the development of SLE. Chapter 3 gives a general theory of meta-analyses, two meta-analyses of the TLR9 gene, namely its two polymorphisms - rs352139 and rs187084 - are presented in chapters 4 and 5. Studies of the first polymorphism met the test of homogeneity therefore the "fixed effects" model of meta-analysis was used for calculation, specifically the Mantel-Haenszel method, which is recommended for merging smaller studies. Although I did not prove a statistically significant effect of this polymorphism on the SLE development, it is apparent from the graphical expression that different genotypes may have a different effect on the manifestation of clinical phenotype (protective AA genotype and risky GG genotype). Studies of the rs187084 polymorphism did not meet the homogeneity condition, for this reason a so-called "random effects" meta-analysis method (the DerSimonian-Laird model) was used for calculation. Again it was not possible to demonstrate any statistically significant effect of genotype on SLE. However, similarly as in the previous polymorphism, individual genotypes may have different effect on the manifestation of SLE (TT genotype was more risky, CC genotype more protective). In conclusion, data published to date do not with certainty say that the TLR9 gene plays a role in the etiopathogenesis of SLE. Much more research data (with a larger number of patients and healthy subjects) and their meta-analyses will be necessary for final confirmation or exclusion of the effect of variation in the gene on the SLE development.

Klíčová slova

Systémový lupus erythematosus, polymorfismus, TLR9, metaanalýza, Mantel-Haenszelova metoda, metoda DerSimonian-Lairdové, Systemic lupus erythematosus, polymorphism, meta-analysis, Mantel-Haenszel method, DerSimonian-Laird method

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 10. 6. 2011
• Vedoucí: prof. MUDr. Lydie Izakovičová Hollá, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Matematická biologie