Struktura a regulační funkce kvadruplexu v promotoru genu oct-4

Bc. Anna Chapčáková

Diplomová práce

Structure and regulatory function of the oct-4 gene promoter quadruplex

Anotace:

V diplomové práci se věnuji prostudování podmínek vzniku guaninového kvadruplexu (G-kvadruplex) v promotoru genu oct-4, v prostředí monovalentních iontů K + a Li + , dále se věnuji vlivu vybraných ligandových molekul (NMM, PDS, Berberin, BRACO, Aloe-emodin)na stabilizaci této sekundární struktury. Experimentálně je ověřována hypotéza vlivu ligandů a K + iontů na průchod enzymu Klenowova fragmentu DNA polymerázy I přes sekvenci schopnou vytvářet G-kvadruplex in vitro, který tak simuluje mechanizmus replikace G-kvadruplexové DNA při buněčném dělení.

Abstract:

In this diploma thesis, I investigate conditions for inducing of a guanine quadruplex (G-quadruplex) in gene promoter oct-4, in presence of monovalent K + and Li + ions. Furthermore, I focused on the impact of selected ligand molecules (NMM, PDS, Berberin, BRACO, Aloe-emodin) on stabilization of this secondary structure. Experimentaly I verifyied the hypothesis that the presence of ligands and K + ions have impact on ability of Klenow fragment of DNA polymerase I to process a sequence that is able to create G-quadruplexes in vitro, which analogicaly simulates the mechanism of replication of G-quadruplex DNA during cell division.

Klíčová slova

G-kvadruplex, ligandy, Klenowův fragment

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 6. 1. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 10. 2. 2016
• Vedoucí: Mgr. Daniel Renčiuk, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Molekulární biologie a genetika