Input Manipulation Module for Biochemical Space Language

Bc. Markéta Opichalová

Bakalářská práce

Anotace:

Modelování biochemických systémů se v oblasti výpočetní biologie se používá k porozumění složitým interakcím a predikci chování. Biochemical Space Language (BCSL) poskytuje stručný a intuitivní přístup založený na tzv. pravidlech pro modelování. Nástroj eBCSgen, který slouží k vývoji a analýze BCSL, čelí nedostatkům ve svém modulu manipulace s vstupy, zejména při parsování a transformaci vstupních dat na interní. Tato práce popisuje teoretické pozadí parsování a modelování založeném na pravidlech, podrobně rozebírá BCSL a implementaci eBCSgen, analyzuje problémy a omezení vstupně manipulačního modulu eBCSgen verze 2.1.0 a navrhuje řešení těchto problémů, což vede k nové verzi eBCSgen (2.2.0). Nová verze zahrnuje komplexní testovací sadu, úpravy gramatiky, lepší práci se složitými racionálními výrazy, obousměrnými pravidly a přímým použitím komplexů. Tyto vylepšení mají za cíl učinit eBCSgen přesnější a uživatelsky přívětivější.

Abstract:

In computational biology, modeling biochemical systems is used to understand complex interactions and predict behaviors. The Biochemical Space Language (BCSL) provides a concise and intuitive rule-based approach to modeling. eBCSgen, a tool for developing and analyzing BCSL, faces challenges in its input manipulation module, particularly in parsing and accurately transforming input data. This thesis outlines the theoretical background of parsing and rule-based modeling, details BCSL and the implementation of eBCSgen, analyzes the issues and limitations of eBCSgen 2.1.0 input manipulation module, and proposes solutions to them, resulting in the new version of eBCSgen (2.2.0). The new version includes comprehensive test cases, grammar modifications, and better handling of complex rational expressions, bidirectional rules, and direct usage of complexes. These enhancements aim to make eBCSgen more accurate and user-friendly.

Keywords

eBCSgen, Biochemical Space Language, BCSL, rule-based language, parsing, grammar

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 5. 2024

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 6. 2024
• Vedoucí: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Samuel Pastva, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Programování a vývoj aplikací / Programování a vývoj aplikací