Analýza a charakteristika vybraných polymorfních mikrosatelitů z řádů trubkonosí a tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u pelikána kadeřavého (Pelecanus crispus) a u plameňáka růžového (Phoenicopterus roseus).

Bc. Dominika VEREŠOVÁ

Diplomová práce

The analysis and characterization of selected polymorphic microsatellites from orders Procellariiformes and Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in Dalmatian Pelican (Pelecanus crispus) and in Greater Flamingo (Phoenicopterus roseus).

Anotace:

Táto diplomová práca sa venovala analýze a charakteristike vybraných polymorfných mikrosatelitových lokusov u plameniaka ružového a pelikána kučeravého pomocou metódy cross-species PCR amplifikácie. V teoretickej časti bol popísaný fylogenetický vývoj vtákov celkovo, so zameraním na taxonomické zaradenie plameniaka ružového a pelikána kučeravého. Sú charakterizované mikrosatelity a ich identifikácia pri použití polymerázovej reťazovej reakcie (PCR). Koniec tejto časti bol zameraný na de novo mikrosatelity a vybrané polymorfné cross-species mikrosatelity u plameniakov, konkrétne plameniaka ružového a pelikánov, konkrétne pelikána kučeravého. Experimentálna časť sa zaoberala cross-species PCR amplifikáciou 13 mikrosatelitových lokusov, odvodených pre vtáky z radu tučniaky a 11 univerzálnych vtáčích mikrosatelitových lokusov na DNA 22 nepríbuzných jedincov plameniaka ružového, ktoré boli pred tým určené ako polymorfné na DNA 6 nepríbuzných jedincov plameniaka ružového (Klaclová, 2018). Celkovo bolo nájdených 22 párov primerov, ktoré amplifikovali 23 polymorfných oblastí (2 polymorfné oblasti amplifikoval primerový pár pre lokus PNN08). Ďalej bolo amplifikovaných 12 mikrosatelitových lokusov, ktoré som označila v mojej bakalárskej práci ako polymorfné na DNA 6 jedincov pelikána kučeravého (Verešová, 2018). Lokusy, odvodené od zástupcov z radu rúrkonosce a bahniaky, boli amplifikované na DNA 41 jedincov pelikána kučeravého. Celkom 11 mikrosatelitových lokusov poskytlo polymorfný PCR produkt. Polymorfné lokusy boli programom Genepop 4.1 (Rousset, 2008) testované na väzbu a určené ako nezávisle. Program Cervus 3.0.6 (Kalinowski et al., 2007) potom následne charakterizoval jednotlivé nezávislé lokusy pre plameniaka ružového a pelikána kučeravého.

Abstract:

This master thesis dealed with the analysis and characteristics of selected polymorphic microsatellite loci in American flamingo and Dalmatian pelican using the method of cross-species PCR amplification. The theoretical part described the phylogenetic development of birds in general, focusing on the taxonomic classification of American flamingo and Dalmatian pelican. Microsatellites and their identification using polymerase chain reaction (PCR) are characterized. The end of this part is focused on de novo microsatellites and selected polymorphic cross-species microsatellites in flamingos, specifically American flamingo and pelicans, specifically Dalmatian pelicans. The experimental part deals with cross-species PCR amplification of 13 microsatellite loci derived for Penguin birds and 11 universal avian microsatellite loci on DNA of 22 unrelated individuals of American flamingo, which were previously determined to be polymorphic on DNA of 6 unrelated individuals of American flamingo (Klaclová, 2018) . A total of 22 primer pairs were found that amplified 23 polymorphic regions (2 polymorphic regions were amplified by a primer pair for the PNN08 locus). Furthermore, 12 microsatellite loci were amplified, which I marked in my bachelor thesis as polymorphic on the DNA of 6 individuals of the Dalmatian pelican (Verešová, 2018). Loci derived from representatives of the Tubinares and Shorebirds were amplified on the DNA of 41 individuals of the Dalmatian pelican. The polymorphic PCR products yielded a total of 11 microsatellite loci. Polymorphic loci were tested for linkage by Genepop 4.1 (Rousset, 2008) and determined to be independent. Then the Cervus 3.0.6 program (Kalinowski et al., 2007) characterized the individual independent loci for the American flamingo and the Dalmatian pelican.

Klíčová slova

cross-species PCR amplifikácia, mikrosatelity, pelikán kučeravý, plameniak ružový, rúrkonosce, tučniaky, univerzálne vtáčie mikrosatelity

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 7. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie