Vizualizace toku molekul vody v proteinových dynamikách

Bc. Tomáš Gordian

Master's thesis

Visualization of water molecules in protein dynamics

Abstract:

The goal of this thesis was to study the movements of molecules of water in protein dynamics and to extend the existing solutions within the CAVER Analyst project. New features were implemented that enable to focus on a large set of molecules interacting with protein. These features include 3D and 2D visualizations showing direction, number and places where molecules of water are coming from and leaving the protein, and also showing amino acids around such places.

Abstract:

Cieľom tejto diplomovej práce bolo skúmanie pohybu molekúl vody v proteínových dynamikách a rozšírenie existujúcich možností v rámci projektu CAVER Analyst. V rámci práce boli implementované nové funkcionality umožňujúce sledovanie väčšieho množstva molekúl vody interagujúcich s proteínom. Tieto funkcionality obsahujú 3D a 2D vizualizácie zobrazujúce smer, počet a miesta kadiaľ molekuly vody prichádzajú a odchádzajú z proteínu, ako aj aminokyseliny, ktoré sa v okolí týchto miest nachádzajú.

Kľúčové slová

CAVER Analyst, proteíny, aminokyseliny, molekuly vody, vizualizácia, OpenGL, Java, proteins, amino acids, water molecules, visualization

Jazyk práce: Slovak

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 7. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 9. 2020
• Vedúci: RNDr. Jan Byška, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / odbor:
Applied Informatics / Applied Informatics