Strukturní a funkční charakterizace proteinu "M-Phase Phosphoprotein 6"

Mgr. Jan Herudek, PhD.

Bakalářská práce

Structural and functional characterization of the M-Phase Phosphoprotein 6

Anotace:

Klíčovou roli ve zpracování a degradaci RNA zastává komplex 3'→5' exoribonukleas zvaný exosom. Tato konzervovaná biomakromolekula se nachází v jádře i cytoplazmě eukaryotických a archeálních buněk. Exosom je aktivován celou řadou podpůrných komplexů a proteinů, které pomáhají vázat cílové substráty RNA. Jedním z důležitých partnerů jaderného exosomu je protein Mpp6. Mpp6 je protein vázající RNA a byl objeven v lidských a také v kvasinkových buňkách S. cerevisiae. Je zapojen do zrání 5.8S rRNA a degradace nekódujících RNA. Struktura proteinu Mpp6 není známa v žádném organismu, navíc lidský a kvasinkový Mpp6 nevykazují sekvenční a pravděpodobně ani strukturní homologii. Cílem této bakalářské práce nazvané Strukturní a funkční charakterizace proteinu "M-Phase Phosphoprotein 6" byla příprava lidského a kvasinkového rekombinantního proteinu Mpp6 pro NMR strukturní analýzu. Kvasinkový protein se vzhledem k pravděpodobné toxicitě pro bakteriální buňky nepodařilo získat v dostatečném množství. Avšak lidský protein Mpp6 byl úspěšně exprimován a purifikován pro měření 1D [1H] NMR spekter, které potvrdily sbalený protein. Tato práce tak vytvořila výchozí bod pro budoucí strukturní a funkční studie Mpp6.

Abstract:

Exosome complex of 3'→5' exoribonucleases plays a key role in processing and degaradation of RNA. This conserved biomacromolecule occurs in the nucleus and cytoplasm of archeal and eukaryotic cells. Exosome is activated by several supportive complexes and proteins, that help to target RNA substrates. One of the important partners of exosome in nucleus is Mpp6 protein. Mpp6 is a RNA-binding protein and was discovered in human and also in yeast cells S. cerevisiae. It is involved in maturation of 5.8S rRNA and degradation of non-coding RNAs. There is no structure of Mpp6 reported in any organism, moreover human and yeast Mpp6 have no sequence and structural homology. The main aim of this bachelor thesis named Structural and functional characterization of the M-Phase Phosphoprotein 6 was to prepare the human and yeast recombinant protein for NMR structure analysis. Yeast protein wasn't obtained in sufficient amount due to presumable toxicity for bacterial cells. However, human protein was succesfully expressed and purified for meassurement of 1D [1H] NMR spectra, which confirmed folded protein. This thesis has set up an initial point for the future structural and functional studies of Mpp6.

Klíčová slova

exosom, jaderná degradace RNA, Mpp6, klonovani a exprese genu

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 6. 2011
• Vedoucí: doc. Mgr. Štěpánka Vaňáčová, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie