Mikrosatelitové lokusy pro determinaci paternity u vybraných druhů pelikánů (Pelecanus spp)

Veronika Mikulová

Master's thesis

Microsatellite loci for determination of paternity in selected species of pelicans (Pelecanus spp)

Abstract:

Cross-species mikrosatelitová amplifikace je velmi vhodná metoda pro hledání polymorfních mikrosatelitových lokusů. Pomocí amplifikace DNA technikou PCR s použitím cross-species primerů se hledají polymorfní mikrosatelitové lokusy, které je možné použít ke genetické analýze a k studiu paternity. Tato práce testuje metodou cross-species mikrosatelitové amplifikace na pelikánu africkém (Pelecanus rufescens), pelikánu kadeřavém (P. crispus), pelikánu bílém (P. onocrotalus) a pelikánu skvrnozobém (P. philippensis) 58 párů primerů odvozených z DNA kormorána galapážského (Phalacrocorax harrisi), ibise japonského (Nipponia nippon), zebu indického (Bos indicus), plameňáka karibského (Phoenicopterus ruber), pelikána severoamerického (Pelecanus erythrorhynchos) a pelikána bílého. Primery odvozené z DNA kormorána galapážského byly testovány na pelikánu skvrnozobém již v bakalářské práci Mikulová (2008). Dále práce testuje na pelikánu bílém a skvrnozobém dalších 126 párů primerů odvozených z DNA kolpíka malého (Platalea minor), tučňáka kroužkového (Pygoscelis adeliae), čápa bílého (Ciconia ciconia), kvakoše nočního (Nycticorax nycticorax), tereje modronohého (Sula nebouxii), alkounka drobného (Aethia pygmaea), plameňáka karibského, potáplice lední (Gavia immer), fregatky obecné (Fregata minor), volavky žlutozobé (Egretta eulophotes) a kormorána ušatého (Phalacrocorax auritus). U pelikána bílého, kde jsou amplifikace nejúspěšnější, je ještě navíc testováno dalších 13 párů primerů odvozených z DNA kachny divoké (Anas platyrhynchos), kajky mořské (Somateria mollissima), kachnice laločnaté (Biziura lobata) a pižmovky velké (Cairina moschata). U pelikána afrického a kadeřavého bylo nalezeno devět polymorfních mikrosatelitových lokusů. U pelikána bílého bylo nalezeno 39 polymorfních mikrosatelitových lokusů a u dalších 10 mikrosatelitových lokusů, odvozených od pelikána bílého, byl ověřen polymorfizmus. Polymorfní lokusy nalezené u těchto druhů pelikánů navrhuji pro další paternitní studium. U pelikána skvrnozobého bylo nalezeno celkem 31 polymorfních mikrosatelitových lokusů (vč. bakalářské práce Mikulová, 2008), u kterých byly zjištěny počty alel u 17 jedinců a vypočítány jejich charakteristiky. Na základě genotypizace těchto polymorfních lokusů byla ověřena paternita šesti dospělců a jejich 11 mláďat

Abstract:

Cross-species microsatellite amplification is very suitable method for searching polymorphic microsatellite loci. Polymorphic microsatellite loci are searching on the basis of DNA amplification by PCR technique using cross-species primers, that is possible use for genetic analyses and paternity studies. This thesis tests 58 pairs of primers derived from DNA of Flightless Cormorant (Phalacrocorax harrisi), Crested Ibis (Nipponia nippon), Caribbean Flamingo (Phoenicopterus ruber), American White Pelican (Pelecanus erythrorhynchos), Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus) and Indian Zebu (Bos indicus) on Pink-backed Pelican (Pelecanus rufescens), Dalmatian Pelican (P. crispus), Great White Pelican and Spot-billed Pelican (P. philippensis) by cross-species microsatellite amplification method. Primers derived from DNA of Flightless Cormorant were tested on Spot-billed Pelican in bachelor thesis Mikulová (2008). Furthermore, thesis tests on Great White Pelican and Spot-billed Pelican other 126 pairs of primers derived from DNA of Black-faced Spoonbill (Platalea minor), Adelie Penguin (Pygoscelis adeliae), White Stork (Ciconia ciconia), Black-crowned Night-Heron (Nycticorax nycticorax), Blue-footed Booby (Sula nebouxii), Whiskered Auklet (Aethia pygmaea), Caribbean Flamingo, Great Northern Diver (Gavia immer), Great Frigatebird (Fregata minor), Chinese Egret (Egretta eulophotes) and Double-crested Cormorant (Phalacrocorax auritus). In addition, for Great White Pelican, where are the most successful amplifications, were tested other 13 pairs of primers derived from DNA of Peking Duck (Anas platyrhynchos), Common Eider (Somateria mollissima), Musk Duck (Biziura lobata) and Muscovy Duck (Cairina moschata). In Pink-backed Pelican and Dalmatian Pelican were found nine polymorphic microsatellite loci. In Great White Pelican were found 39 polymorphic microsatellite loci and in other 10 microsatellite loci, derived from Great White Pelican, was acknowledged polymorphics. Polymorphic loci found for these species of Pelecanus I suggest for following paterity studies. In Spot-billed Pelican were found 31 polymorphic microsatellite loci in all (incl. bachelor thesis Mikulová, 2008), by that numbers of alleles in 17 individuals were stated and were calculated their characteristics. On the basis of genotyping was verified paternity in six adults and their 11 youngs

Keywords

cross-species mikrosatelitová amplifikace, mikrosatelity, polymorfizmus, pelikán africký, Pelecanus rufescens, pelikán bílý, Pelecanus onocrotalus, pelikán kadeřavý, Pelecanus crispus, pelikán skvrnozobý, Pelecanus philippensis

Keywords

cross-species microsatellite apmlification, microsatellite, polymorphism, Pink-backed Pelican, Pelecanus rufescens, Great White Pelican, Pelecanus onocrotalus, Dalmatian Pelican, Pelecanus crispus, Spot-billed Pelican, Pelecanus philippensis

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 5. 2010

Thesis defence

• Date of defence: 8. 6. 2010
• Supervisor: Petr Nádvorník
• Reader: Kamil Čihák

Univerzita Palackého

Přírodovědecká fakulta

Master programme / field:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie