Složení mikrobiomu tlustého střeva u jedinců s idiopatickými střevními záněty

Bc. Kristýna Martínková

Master's thesis

Composition of the colon microbiome in individuals with idiopathic intestinal inflammation

Abstract:

Zánětlivá střevní onemocnění (IBD) jsou idiopatická chronická onemocnění postihující gastrointestinální trakt. Hlavními onemocněními tohoto typu jsou Crohnova choroba a ulcerózní kolitida, u nichž lze pozorovat určitý překryv klinický i patofyziologický, ale také některé klíčové odlišnosti. Globální nárůst pacientů s IBD, nejasná patogeneze a limitované možnosti léčby těchto multifaktoriálních onemocnění se staly podkladem rozsáhlých výzkumů v této oblasti. Genetická zátěž a expozice rizikovým faktorům prostředí mají vliv na složení a rozmanitost střevního mikrobiomu a zvýšenou střevní permeabilitu, což pravděpodobně vede k neadekvátní imunitní reakci. Cílem této práce je analyzovat a porovnat mikrobiom pacientů s ulcerózní kolitidou a zdravých jedinců pomocí molekulárně genetických metod. Zvláštní pozornost je věnována skupině anaerobních sulfát redukujících bakterií.

Abstract:

Inflammatory bowel diseases (IBD) are chronic idiopathic diseases affecting the gastrointestinal tract. The main diseases of this type are Crohn's disease (CD) and Ulcerative colitis (UC), in which some clinical and pathophysiological overlap can be observed, but also some differences. The global increase in the number of patients with IBD, the unclear pathogenesis, and the limited treatment options for these multifactorial diseases have become the basis of extensive research in the field. Genetic burden and exposure to environmental risk factors have an impact on the composition and diversity of the gut microbiome and have increased intestinal permeability, likely leading to an inadequate immune response. The aim of this study is to analyse and compare the microbiome of patients with Ulcerative colitis and healthy individuals using molecular genetic methods, focusing on a group of anaerobic sulphate–reducing bacteria.

Keywords

idiopatické střevní záněty, ulcerózní kolitida, Crohnova choroba, střevní mikrobiom, 16S rRNA, FISH, PCR, SRB, idiopathic intestinal inflammation, Ulcerative colitis, Crohn's disease, gut microbiome

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 1. 2023

Thesis defence

• Date of defence: 8. 2. 2023
• Supervisor: doc. Ivan Kushkevych, Ph.D.
• Reader: doc. RNDr. Ladislava Bartošová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Microbiology / Microbiology