Analýza chování silových polí při simulacích DNA aRNA

Ivana Velikovská

Master's thesis

Analysis of the Force Field Bahaviour in DNA and RNA Simulations

Anotácia:

Cílem této práce bylo zjistit, které parametry silového pole ovlivňují vybrané strukturní parametry DNA a RNA a jak se makromolekula jako celek chová v závislosti na změně parametrů, jako například permitivita, torzní úhel ? (amplituda a fázový posun) a van der Waalsovy parametry. V rámci diplomové práce jsem také zkoumala korelace parametrů silového pole se strukturními parametry molekul nukleových kyselin pomocí vytvořených korelačních tabulek a dále jsem tyto závislosti charakterizovala jejich směrnicemi. Navíc jsem porovnala vliv použitého modelu rozpouštědla (implicitní a explicitní) na základní strukturní charakteristiky makromolekul DNA a RNA

Abstract:

The aim of this study was to determine which parameters of force field influence the structural parameters DNA and RNA and determine how macromolecule reacts to the change of parameters as permittivity, angle ? (its amplitude and phase shift) or van der Waals parameters. Using prepared correlation tables I have also examined the correlation of force field parameters with the structural parameters of nucleic acids and characterized them by their slopes. Moreover, I assessed the effect of solvent (implicit and explicit) on the structural characteristics of DNA and RNA molecules

Kľúčové slová

DNA, RNA, AMBER, MD simulace, helikální parametry, permitivita, glykosidický úhel, van der Waalsovy parametry, empirický potenciál

Keywords

DNA, RNA, AMBER, MD simulation, helical parameters, permittivity, glycosidic angle, van der Waals parameters, force field

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 5. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 16. 6. 2010
• Vedúci: Petr Jurečka
• Oponent: Karel Berka

Univerzita Palackého

Přírodovědecká fakulta

Master programme / odbor:
Chemie / Fyzikální chemie