Poloha nukleozómů a metody jejího stanovení

Mgr. Kateřina Hemalová

Bachelor's thesis

Nucleosome positioning and methods of its determination

Abstract:

V této bakalářské práci se věnuji poloze nukleozómů a prediktivním i experimentálním metodám jejího stanovení. Poloha nukleozómů v genomu je determinována hlavně deformačními vlastnostmi DNA. Matice ohýbatelnosti DNA může být použita pro predikci polohy nukleozómů z libovolné sekvence. Experimentální mapování nukleozómů obvykle zahrnuje štěpení mikrokokovou nukleázou a následné sekvencování. Experimentální i prediktivní metody se využívají pro vytváření celogenomových map nukleozómů, které přináší nové poznatky o lokální struktuře a funkci chromatinu.

Abstract:

In this thesis, I focus on nucleosome positioning and predictive and experimental methods of its determination. Nucleosome positioning along genome is guided primarily by deformational properties of DNA. Matrix of DNA bendability can be used for sequence-directed mapping of the nucleosomes for any sequence. Experimental mapping of nucleosomes has been performed mainly by the micrococcal nuclease digestion followed by sequencing. Both experimental and predictive methods are used to create genome-wide nucleosome maps which brings new information about local stucture and function of chromatin.

Keywords

chromatin, DNA bendability, histone, matrix of DNA bendability, nucleosome, nucleosome positioning, rotational position, translational position, histon, matice ohýbatelnosti DNA, nukleozóm, ohýbatelnost DNA, poloha nukleozómu, rotační poloha, translační poloha

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 15. 5. 2012

Thesis defence

• Date of defence: 18. 6. 2012
• Supervisor: prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular Biology and Genetics