Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u pelikána skvrnozobého (Pelecanus philippensis).

Monika ŠULÁKOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in Spot-billed Pelican (Pelecanus philippensis).

Abstract:

V této bakalářské práci jsem se zabývala hledáním polymorfních mikrosatelitů u pelikána skvrnozobého (Pelecanus philippensis). V teoretické části jsem se věnovala taxonomickému zařazení pelikána skvrnozobého do systému ptáků, změnám, kterými tento systém v minulosti procházel a popsala jsem řád veslonozí (Pelecaniformes), čeleď pelikánovití (Pelecanidae), rod pelikán (Pelecanus) a následně biologii, ekologii a ochranu pelikána skvrnozobého. Dále jsem se zaměřila na možnosti využití molekulárních markerů v ekologii, popis repetitivní DNA s důrazem na mikrosatelity, jejich rozdělení a způsoby hledání mikrosatelitových lokusů. Poslední část rešerše jsem věnovala popisu hledání všech dosud objevených mikrosatelitů od druhů z řádu tučňáci, EST mikrosatelitů a konzervovaných ptačích mikrosatelitů. V praktické části jsem na genomické DNA šesti nepříbuzných jedinců pelikána skvrnozobého testovala cross-species PCR amplifikací celkem 173 párů primerů (113 párů primerů navržených pro 9 druhů tučňáků, 36 párů primerů pro amplifikaci 35 EST mikrosatelitů a 24 párů primerů pro amplifikaci konzervovaných ptačích mikrosatelitů). Všechny páry primerů poskytly u pelikána skvrnozobého polymorfní produkt, 14 z nich bylo polymorfních a u 6 nepříbuzných jedinců jsem nalezla 25 alel. Budoucím testováním na více jedincích bude možné zjistit populačně genetické charakteristiky těchto mikrosatelitů.

Abstract:

In this bachelor thesis I was looking for polymorphic microsatellites in Spot-billed pelican (Pelecanus philippensis). In the theoretical part I dealt with taxonomic classification of Spot-billed pelican to the system of birds, changes by which it previously passed and I described order Pelecaniformes, family Pelecanidae and genus Pelican, followed by biology, ecology and conservation of Spot-billed pelican. I have also focused on the possibilities of using molecular markers in ecology, the description of repetitive DNA with emphasis on microsatellites, their distribution and ways of finding microsatellite loci. The last chapter of the teoretical part I descripted all microsatellites discovered from the penguins, EST microsatellites and CAM (Conserved Avian Microsatellites). In the practical part I tested on the genomic DNA of six unrelated individuals of Spot-billed pelican cross-species PCR amplification of a total number of 173 primer pairs (113 primer pairs designed for 9 penguin species, 36 primer pairs for amplification of 35 EST microsatellites and 24 primer pairs for amplification conserved avian microsatellites). All of the primer pairs amplified a polymorphic product, 14 of them were polymorphic, and I found in 6 unrelated individuals 25 alleles. Future tests on higher number of the individuals will determine the population genetic characteristics of these microsatellites.

Keywords

PCR amplifikace, cross-species, mikrosatelit, pelikán skvrnozobý, tučňák

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 25. 7. 2017

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Ecology and Environmental Protection / Ecology and Environmental Protection