Software pro zpracování a analýzu gelových skenů

Jaroslav EVJÁK

Bachelor's thesis

Software for processing and analysis of gel scans

Anotácia:

V dnešní době existuje mnoho programů, které se zabývají analýzou vzorků gelové elektroforézy. Většinou se jedná o desktopové aplikace, které dokáží analyzovat jeden gel, jejíž výstupem jsou tabulková data. Získaná data z analýzy mohou sloužit pro případný další výzkum. Práce popisuje princip gelové elektroforézy, typy gelů, zpracování a chyby obrazu, v neposlední řadě existenční řešení. Cílem této bakalářské práce je vytvoření webové aplikace, která umožní automatickou analýzu skenu gelu s následným uložením dat do databáze. Výstupem bude graf, který porovná data zvolených stripů. uživatelem.

Abstract:

Nowadays there is many programs that deal with gel electrophoresis sample analysis. Mostly is desktop applications that can analyze single gel whose outputs are spreadsheet data. The data obtained from the analysis can be used for further research. In work with a focus on the principles of gel electrophoresis, mistakes and processing of image, not least existential solutions. The aim of this thesis is to create a web application that would allow automatic analysis of information and subsequent stored data into the database. The output will be a graph that compares the data on strips. user.

Kľúčové slová

Gelová elektroforéza, zpracování elektroforeogramu, elektroforéza, smilling efekt, oblast píku, standard, detekce píků, UN-SCAN-IT, GelViewer, SoftGel

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Mgr. Martin Raus, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Bioinformatics