Detekce nežádoucích mikroorganismů pomocí izotermální amplifikace DNA

Jiří LOS

Bakalářská práce

Detection of Undesirable Microorganisms with Isothermal DNA Amplification

Anotace:

Tato bakalářská práce je zaměřena na aplikovatelnost metody izotermální amplifikace DNA (LAMP) pro přímou detekci mykobakterií ve vodách. Shromažďuje současné teoretické poznatky, na jejichž základě proběhly experimenty potvrzující danou metodu a představuje tak ucelený úvod do dané problematiky. Podařilo se nám optimalizovat reakční podmínky pro detekci Mycobacterium phlei pomocí LAMP a detekce barvivem SYBR Green. Optimální reakční podmínky byly 63°C a koncentrace Mg2+ 4 mM. Produkt lze bezpečně detekovat po 90 minutách. Zjistili jsme, že detekce M. phlei pomocí fluorescenčního DNA barviva GelStar v UV je výrazně méně citlivá a spolehlivá. M. phlei se nám podařilo ve všech případech detekovat gelovou elektroforézou v agarosovém gelu.

Abstract:

This bachelor thesis is focused on the applicability of the loop mediated isothermal DNA amplification (LAMP) for the direct detection of Mycobacteria in water. It reviews contemporary theoretical information together with practical experimental testing of the LAMP method and also represents coherent introduction to the LAMP issues. We optimized reaction conditions for the detection of Mycobacteria phlei with SYBR Green DNA stain. The optimal conditions were 63°C and 4 mM of Mg2+. The Product could be securely detected after 90 minutes of the reaction. We found out, that the detection of Mycobacteria phlei by fluorescence GelStar DNA stain in UV is not reliable and enough sensitive. By agarose gel electrophoresis we successfully detected Mycobacteria phlei in all cases.

Klíčová slova

LAMP, PCR, DNA, primer, izotermální amplifikace, GelStar, SYBR Green

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2012

Zveřejnit od: 18. 5. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 14. 6. 2012

Univerzita Tomáše Bati ve Zlíně

Fakulta technologická

Bakalářský studijní program / obor:
Chemie a technologie materiálů / Inženýrství ochrany životního prostředí