Optimalizace nové high throughput metody pro screening potenciálních G-kvadruplexových sekvencí DNA

Bc. Aneta MATĚJOVÁ

Master's thesis

The optimalization of new high troughput method for the screening of potential G-quadruplex DNA sequences

Anotácia:

G-kvadruplexy jsou nekanonické sekundární struktury DNA, které vznikají v lokusech bohatých na guaniny. V genomu se G-kvadruplexy nejhojněji vyskytují v oblasti telomer a regulačních centrech genů, čímž se stávají terapeuticky významné. Specifické cílení malými molekulami vůči G-kvadruplexům se jeví jako silný nástroj k potlačení nádorové aktivity. Nová high throughput metoda, popisovaná v této diplomové práci, přináší novodobý přístup pro screening potenciálních G-kvadruplexových sekvencí DNA. Metodika práce je založena na analýze vzorků pomocí kvantitativní PCR v reálném čase a následném proměření křivek tání metodou High Resolution Melting.

Abstract:

G-quadruplexes are non-canonical secondary DNA structures that are created in guanine rich loci. In the genome, G-quadruplexes are most abundant in telomeres and gene regulatory centres, making them therapeutically significant. Specific targeting by small molecules to G-quadruplexes appears to be a powerful tool for suppressing tumour activity. The new high throughput method described in this thesis provides a modern approach for screening potential G-quadruplex DNA sequences. The methodology is based on the analysis of samples using real-time quantitative PCR and subsequent measurements of melting curves using the High Resolution Melting method.

Kľúčové slová

G-kvadruplex, telomery, genový promotor, kvantitativní PCR v reálném čas, High Resolution Melting analýza

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 4. 2019

Zverejniť od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 31. 5. 2019
• Vedúci: doc. RNDr. Petr Pečinka, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / Experimental Biology