Vliv složení membrán na jejich strukturní a funkční vlastnosti

Dominik MARTINÁT

Bakalářská práce

The Influence of Composition on Membrane Structural and Functional Properties

Anotace:

Aby mělo léčivo kýžený efekt, musí se dostat do cílového místa, což často zahrnuje pasivní průchod membránou. Z toho důvodu je zásadní chápat, jak složení membrány ovlivňuje její strukturní vlastnosti a interakce. V této práci byl za použití zhrubených simulací studován vliv složení membrán na jejich strukturní vlastnosti: tloušťka membrány, plocha lipidu, parametry uspořádání a laterální difuze. Simulovány byly membrány fosfoglyceridů v čistém i směsném stavu. Ukázal se vliv složení na všechny sledované strukturní parametry. Takto zjištěné trendy byly posléze porovnány s hodnotami permeabilitních koeficientů doplněných a nyní dostupných v databázi MolMeDB. Ukázalo se, že zhrubené simulace popisují strukturní charakteristiky membrán kvalitativně v pořádku, ale permeabilitní data z různých zdrojů nejsou jednoduše porovnatelná.

Abstract:

Any drug must reach its target site to have the desired effect, which often involves passive passage through the membrane. Therefore, it is essential to understand how the composition of the membrane affects its structural properties and interactions. In this work, the influence of membrane composition on their structural properties: membrane thickness, lipid area, order parameters and lateral diffusion was studied using coarse grained simulations. Membranes of phosphoglycerides in pure and mixed state were simulated. The influence of composition on all monitored structural parameters was shown. The trends found in this way were then compared with the values of permeability coefficients supplemented and now available in the MolMeDB database. Our results show that coarse grained simulations describe the structural characteristics of membranes qualitatively in order, but the permeability data from different sources are not simply comparable.

Klíčová slova

membrána, permeabilita, plocha lipidu, tloušťka membrány, uspořádanost membrán, MolMeDB

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Bioinformatika