Vliv iontů na sekundární strukturu hyaluronanu v počítačových simulacích a experimentech

Bc. Václav Buš

Master's thesis

Ion Effects on the Hyaluronan Secondary Structure in Computer Simulations and Experiments

Abstract:

Molecular dynamics is a technique for computer simulations of complex systems, based on the bonded and non-bonded interactions between all pairs of atoms. These methods are more and more often used to investigate the structure and properties of molecules, because computer modelling is faster and less expensive than real experiments. This thesis is focused on hyaluronan-ions effects using the molecular dynamics software NAMD. Appropriate characteristics of hyaluronan random coils ought to be suggested, calculated from simulations and measured using available experimental methods.

Abstract:

Molekulová dynamika simuluje chování systémů na základě řešení pohybových rovnic jednotlivých atomů, přičemž vychází z párových vazebných a nevazebných interakcí mezi atomy. Díky nižší časové i finanční náročnosti oproti reálným experimentům jsou metody molekulové dynamiky stále častěji využívány ke studiu struktury a vlastností makromolekul. Cílem práce je popsat vliv různých iontů na strukturu hyaluronanu na základě simulací v programu NAMD, navrhnout charakteristiky náhodného klubka, které by možné srovnat s experimenty, a tyto charakteristiky následně naměřit pomocí dostupných experimentálních metod.

Keywords

molekulová dynamika, polysacharid, gyrační poloměr, hydrodynamický poloměr

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 14. 5. 2018

Thesis defence

Tomas Bata University in Zlín

Faculty of Technology

Master programme / field:
Chemistry and Materials Technology / Materials Engineering