Stanovení polymorfismů NOD2/CARD15 u pacientů s akutním infarktem myokardu

Bc. Karolína SVĚTLÍKOVÁ

Master's thesis

The analysis of NOD2/CARD15 polymorphisms in patients with acute myocardial infarction

Abstract:

Jednou z vážných komplikací ischemické choroby srdeční je infarkt myokardu, jenž patří celosvětově mezi nejčastější zdravotní problémy a je také jednou z hlavních příčin úmrtí. Komplexní etiologie tohoto onemocnění je ovlivněna řadou různých rizikových faktorů. V patogenezi infarktu myokardu hrají významnou roli genetické dispozice. Díky asociačním studiím napříč genomem bylo se zvýšeným rizikem vzniku infarktu myokardu úzce spojeno několik chromozomálních lokusů. Jednonukleotidové polymorfismy v těchto lokusech mají zásadní vliv na strukturu a funkci produktů genové exprese. Pro stanovení alelické konstituce v příslušném genovém lokusu existuje několik genotypizačních přístupů, přičemž pro účely této diplomové práce byla zvolena genotypizační technologie MassArray. Hlavním cílem diplomové práce bylo stanovit pomocí MassArray genotypizace polymorfismy rs2066844 (R702W), rs2066845 (G908R) a rs2066847 (1007InsC) genu NOD2/CARD15 a rs1800629 (TNF-308) genu TNF-alfa u vybraného souboru 158 pacientů s prodělaným akutním infarktem myokardu. Pro sledované polymorfismy byly stanoveny genotypové a alelické frekvence a dále bylo také zjištěno, že distribuce sledovaných SNP byla v souladu s Hardy-Weinbergovou rovnováhou. U polymorfismu rs2066847 (1007InsC) byla prokázána asociace s akutním infarktem myokardu. Hodnota relativního rizika 0,46 spolu s převahou nositelů polymorfní varianty genu NOD2/CARD15 mezi zdravými kontrolními jedinci poukazuje na možný protektivní charakter alely C rs2066847. Rozdíly ve výskytu dalších dvou testovaných polymorfismů NOD2/CARD15, resp. genu TNF-alfa mezi sledovaným souborem pacientů a kontrolní skupinou zjištěny nebyly. Tato práce poukazuje na možné ochranné působení polymorfní varianty rs2066847 NOD2/CARD15 v patogenezi akutního infarktu myokardu v české populaci. K definitivnímu průkazu tohoto závěru bude třeba tento nález ověřit na dalším, nezávislém souboru pacientů z jiného pracoviště, případně z jiné země.

Abstract:

One of the serious complications of ischemic heart disease is myocardial infarction, which belongs to the most common health problems worldwide and is also one of the main death causes. Complex etiology of the disease is influenced by a number of different risk factors. An important role in the pathogenesis of myocardial infarction is played by genetic predisposition. Thanks to the genome-wide association studies, the increased risk of myocardial infarction was closely linked to several chromosomal loci. Single nucleotide polymorphisms in these loci have a cardinal influence on the structure and function of the gene expression products. There are several genotyping approaches for the determination of allelic constitutions in the relevant gene locus. For the purpose of this diploma thesis, MassArray technology was chosen. MassArray genotyping was used in order to achieve the main aim of this diploma thesis, i.e. to determine polymorphisms rs2066844 (R702W), rs2066845 (G908R) and rs2066847 (1007InsC) of gene NOD2/CARD15 and rs1800629 (TNF-308) of gene TNF-alpha in a group of 158 patients who had presented with acute myocardial infarction. Genotypic and allelic frequencies were determined for the observed polymorphisms. The distribution of genotypes for the single nucleotide polymorphisms tested was in accordance with the Hardy-Weinberg equilibrium. Significant difference in allelic frequencies was observed between the patient group and the control subjects for polymorphism rs2066847 (1007InsC). The value of Odds ratio was 0.46, and together with predominance of carriers of this polymorphic variant of NOD2/CARD15 gene in the control group, suggested its possible protective character. Thus the association between the studied single nucleotide polymorphisms and the increased risk of acute myocardial infarction was evidenced for rs2066847 and not the other SNPs tested. The protective effect of the C allele of rs2066847 must be replicated in other centres/other ethnicities, otherwise it is considered as preliminary and pertinent for Czech population only.

Keywords

Akutní infarkt myokardu, jednonukleotidový polymorfismus, MassArray genotypizace, geny NOD2/CARD15 a TNF-alfa

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 28. 4. 2016

Accessible from:: 28. 4. 2016

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Veronika Žižková

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Master programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology