Užití kontejnerových orchestračních nástrojů v prostředí pro analýzu vzorků tkání

Ľuboslav Pivarč

Bakalářská práce

Leveraging container orchestration tools in tissue sample analysis environment

Abstract:

The bachelor thesis is focused on implementation of API for providing instances of cBioPortal, which is used for vizualization of data obtained from PDX models. The software allows users to analyze selected PDX model data sets that are located on the EurOPDX Data Portal. The Kubernetes orchestration tool was used to automate the launch and management of instances, and the ELIXIR AAI authentication and authorisation infrastructure was integrated into the solution. The solution will be integrated within the EDIReX project.

Abstract:

Bakalárska práca sa zaoberá implementáciou API pre poskytovanie inštancií softvéru cBioPortal, ktorý slúži pre vizualizáciu dát získaných z PDX modelov. Používateľom softvér umožňuje analyzovať vybrané dátové sety PDX modelov, ktoré sa nachádzajú na EurOPDX Data Portali. Pre automatizáciu spustenia a správu inštancií bol využitý orchestračný nástroj Kubernetes a do riešenia bola integrovaná autentifikačná a autorizačná infraštruktúra ELIXIR AAI. Výsledné riešenie práci bude integrované v rámci projektu EDIReX.

Klíčová slova

REST API, Kubernetes, Spring boot, PDX model, ELIXIR AAI, Docker, integrácia, distribuovaný systém, klaster

Jazyk práce: slovenština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 27. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 28. 6. 2019
• Vedoucí: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D.
• Oponent: Mgr. Tomáš Sapák

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika