Bc. Filip ČERNÝ

Master's thesis

Konformace cukrfosfátové páteře a deoxyribózy v protein-DNA komplexech.

Conformation of sugar-phosphate backbone and deoxyribose in protein-DNA complexes.
Abstract:
Pomocí molekulární dynamiky (MD) je možné počítat Gibbsovu energii, predikovat vývoj molekulárních systémů v čase nebo simulovat vazbu ligandu do vazebného místa proteinu. Proto, abychom obdrželi co nejpřesnější výsledky, je nutné mít silové pole, které správně popisuje dané systémy. Tato práce se zaměřuje na ověřování kvality silových polí pro modelování nukleových kyselin v MD simulacích a konkrétně …more
Abstract:
Molecular dynamics (MD) modeling can be used to calculate Gibbs energy, to predict the evolution of a molecular system over time or t simulate the binding of a ligand to the active site of a protein. For accurate molecular dynamics results, it is necessary to have a force field that describes the systems correctly. This work is focused on verification of quality of the force field used to model nucleic …more
 

Keywords

Molekulární dynamika molekulová mechanika silové pole empirický potenciál OL15 bsc1 parametr P cukerného kruhu nukleové kyseliny A-DNA glykosidický úhel protein-DNA interakce
 
Language used: Czech
Date on which the thesis was submitted / produced: 29. 4. 2022

Thesis defence

  • Supervisor: doc. RNDr. Petr Jurečka, Ph.D.

Citation record

Cite this text
The right form of listing the thesis as a source quoted

ČERNÝ, Filip. Konformace cukrfosfátové páteře a deoxyribózy v protein-DNA komplexech. . Olomouc, 2022. diplomová práce (Mgr.). UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI. Přírodovědecká fakulta

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI, Přírodovědecká fakulta
https://stag.upol.cz/StagPortletsJSR168/CleanUrl?urlid=prohlizeni-prace-detail&praceIdno=275265 Reference to the local database file of the institution

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / field:
Physics / Molecular Biophysics

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.
 
Name
Posted by
Uploaded/Created
Rights
Theses 7i2oat 7i2oat/2
2/5/2022
Folders
Files
thesis DP_Cerny_Filip.pdf
MARKLOVÁ, E.
3/5/2022

  • Co je jinak přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Co je jinak další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Co je jinak pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Co je nové vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Co je nové rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.

  • Co se chystá

    Připravujeme další vylepšení pro mobilní zařízení.