Molekulárně-cytogenetická charakterizace multiformního glioblastomu pomocí techniky array CGH

Bc. Ivona Perutková

Master's thesis

Molecular-cytogenetic characterization of Glioblastoma Multiforme using array CGH technique

Abstract:

Multiformní glioblastom (Glioblastoma multiforme, GBM) představuje nejčastější primární nádor centrálního nervového systému u dospělých a navzdory komplexnímu terapeutickému přístupu je jeho léčba dosud neúspěšná. GBM je charakteristický vysokou intratumorální heterogenitou a četnými genetickými změnami. Zatím bohužel nebyly nalezeny spolehlivé klasifikační markery, které by umožnily rozdělit pacienty s tímto onemocněním do jednotlivých podskupin ve vztahu k prognóze a odpovědi na léčbu, a tak individualizovat terapii. Technika array-CGH představuje jednu z nejnovějších metod, které lze využít na celochromozomový skrínink nebalancovaných chromozomových změn. Cílem této práce je vyšetřit pomocí této techniky soubor pacientů s GBM, analyzovat jejich celogenomové profily, studovat změny genetického materiálu ve významných lokusech a následně se v korelaci s klinickými údaji pokusit najít genetické abnormality, které by bylo možno využít jako potenciální prognostické markery. Jako doprovodná metoda je využita technika I-FISH, která umožňuje cílenou vizualizaci specifických chromozomových abnormalit, jako jsou delece v oblasti 1p a 19q, in situ. Posledním cílem této práce je vyšetření zmíněných pacientů na přítomnost mutace v genu IDH1, jenž je v současné době jedním z mála využitelných prognostických markerů GBM.

Abstract:

Glioblastoma multiforme (GBM) is the most common primary tumor of central nervous system of adult people with unsuccessful treatment. GBM is characterized by high intratumoral heterogeneity and numerous genetic changes. So far, there unfortunately have not been found any reliable classification markers that would allow us to divide patients with this disease into different subgroups in relation to prognosis and response to treatment, and so individualize therapy. Array CGH technique is one the newest methods which can be used for whole-genome screening of unbalanced chromosomal changes. The aim of this diploma thesis is to examine group of 12 patients with GBM using array CGH technique and to analyze whole-genome profiles and changes of genetic material in important loci. Further, genetic abnormalities, which could be used as potential prognostic markers are described in correlation with clinical dat. I-FISH technique, which allows in situ visualization of specific chromozomal abnormalities such as 1p or 19q deletions, was used as an accompanying method. Another objective of this thesis is to examine these patients for presence of IDH1 mutations which are known to be a positive prognostic marker in GBM.

Keywords

Multiformní glioblastom (GBM), komparativní genomová hybridizace na čipech (array CGH), interfázní fluorescenční in situ hybridizace (I-FISH), analýza tání s vysokým rozlišením (HRM) Glioblastoma mutiforme (GBM), array comparative genomic hybridization (array CGH), interphase fluorescence in situ hybridization (I-FISH), high resolution melting (HRM)

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 5. 2014

Thesis defence

• Date of defence: 13. 6. 2014
• Supervisor: RNDr. Vladimíra Vallová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics