MAMA: R-balík pro meta-analýzu microarray

Mgr. Ivana Ihnatová, Ph.D.

Rigorózní práce

MAMA: an R Package for Meta-Analysis of MicroArray

Anotace:

Meta-analýza, ktorá kombinuje dáta z viacerých štúdií, je dôležitým nástrojom analýzy dát z microarray experimentov. Implementácia metód pre meta-analýzu je často nedostupná alebo poskytuje len niekoľko málo metód bez schopnosti vizualizovať a kombinovať výsledky z rozdielnych metód. Táto práca poskytuje krátky popis a užívateľskú príručku pre nový R-balík MAMA. Balík obsahuje implementácie deviatich metód pre meta-analýzu microarray dát a ďalšie funkcie pre kombináciu výstupov a pre úpravu formátov jednak dátových súborov jednak výstupov metód. Balík je dostupný na CRAN.

Abstract:

Meta-analysis is a powerful tool for analyzing microarray experiments by combining data from multiple studies. Currently, the implementation of the methods of meta-analysis is often unavailable or offers only a few methods in one package without ability to visualize and combine results from different methods. This thesis provides a short description and user guide for a new package MAMA. The package contains implementation of nine various methods for meta-analysis of microarray data. Functionalities for combining outputs from different methods and for data transformation are also available in the package. The package is available on CRAN.

Keywords

microarray, meta-analýza, R-balík, implementácia, vizualizácia, meta-analysis, R-package, implementation, visualization

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 7. 10. 2010

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 12. 2010
• Oponent: Prof. Ing. Ivo Provazník, Ph.D., Ing. Zoltán Szabó, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Rigorózní řízení / obor:
Biologie / Matematická biologie