Studium lidských proteinů vázajících Ser7 fosforylovanou C-terminální doménu RNA polymerázy II

Bc. Marie Jefremova

Master's thesis

Studies of human proteins interacting with pSer7 CTD of RNAP II

Abstract:

Multi-podjednotkový enzym RNA polymeráza II přepisuje protein kódující geny a jeho největší podjednotka obsahuje C-terminální doménu (CTD). CTD se skládá z tandemově se opakujících heptapeptidů (Tyr1Ser2Pro3Thr4Ser5Pro6Ser7)n a slouží jako vazebná platforma pro různé proteiny posttranskripčních úprav. Tato flexibilní CTD RNA polymerázy II je fosforylována specifickými kinázami během různých fázích transkripčního cyklu v určitých serinových pozicích. Fosforylace způsobuje mírné strukturální změny v CTD a přitahuje proteiny, které rozpoznávají specifickou modifikaci. Proteiny tuto modifikaci rozpoznávají pomocí CTD-interagujících domén (CIDs). CIDs se nacházejí v proteinech, které jsou zapojeny do posttranskripčních úprav RNA jako je např. podjednotka lidského polyadenylačního a štěpícího faktoru Pcf11, podjednotka lidského Scaf8, který interaguje se Ser/Arg a regulační doména primárního transkriptu Rprd2. V této diplomové práci jsou studovány lidské proteiny Pcf11, Rprd2 a Scaf8, které rozpoznávají specifickou fosforylaci serinu v CTD. Tato práce se zaměřuje především na charakterizaci vazebných afinit lidských proteinů vůči fosforylovanému Ser7 CTD, jenž je spojován s procesováním nekódujících RNA.

Abstract:

Multi-subunit enzyme RNA polymerase II transcribes protein coding genes and its largest subunit contains the C-terminal domain (CTD). CTD consists of tandemly repeated heptapeptide (Tyr1Ser2Pro3Thr4Ser5Pro6Ser7)n to serve as a platform for various binding proteins of post-transcriptional modification. This flexible CTD of RNA polymerase II is phosphorylated by specific kinases during different phases of the transcription cycle in certain serine positions. Phosphorylation causes slight structural changes in the CTD and attracts proteins, that recognize specific modification. Proteins of this modification recognize using CTD-interacting domain (CIDs). CIDs are found in proteins that are involved in post-transcriptional modifications of RNA such as a subunit of human polyadenylation and cleavage factor Pcf11, subunit of human Scaf8, which interacts with a Ser / Arg and regulatory domain of the primary transcript Rprd2. In this thesis are studied human proteins Pcf11, Rprd2 and Scaf8, that recognize specific phosphorylation of serine in the CTD. This work focuses on the characterization of the binding affinities of human proteins to phosphorylated serine 7 in the CTD, which is associated with non-coding RNA processing.

Keywords

RNA polymeráza II, C-terminální doména, posttranslační modifikace, fosforylace, CTD kód, CTD-interagující doména, fluorescenční anizotropie

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 23. 5. 2013

Thesis defence

• Date of defence: 14. 6. 2013
• Supervisor: doc. Mgr. Richard Štefl, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Biomolecular Chemistry