Fylogenetická analýza sekvencí z vybraných rodin aldehyddehydrogenas z nižších rostlin

Šimon PAVLŮ

Bachelor's thesis

Phylogenetic analysis of sequences of selected families of aldehyde dehydrogenase from lower plants

Abstract:

Tato bakalářská práce se zabývá analýzou sekvencí aldehyddehydrogenas (ALDH) v nižších rostlinách - řasách a kapradinách. Teoretická část je zaměřena na rešerši současných poznatků o nadrodině rostlinných aldehyddehydrogenas. Výsledková část zahrnuje vyhledávání pomocí softwaru BLAST a identifikaci ALDH genů v genomech řas Klebsormidium nitens, Coccomyxa subellipsoidea a Chromochloris zofingiensis a genomu kapradiny Azolla filiculoides. Sekvence kódovaných proteinů byly rozřazeny dle schválené klasifikace do rodin a podrodin a byla provedena fylogenetická analýza příbuznosti ALDH z vybraných rodin s členy z vyšších rostlin, pomocí softwaru PhyML. Bylo zjištěno, že většina ALDH genů je v genomech řas přítomna v jedné kopii a u dvou řas byla zjištěna absence silně konzervovaného genu ALDH7. Dále byla zjištěna přítomnost ALDH genu, o kterém se předpokládalo, že je přítomen pouze ve vyšších rostlinách.

Abstract:

This bachelor thesis deals with the analysis of aldehyde dehydrogenase (ALDH) sequences in lower plants - algae and ferns. The theoretical part is focused on research of current knowledge about plant aldehyde dehydrogenase. The results include BLAST search and identification of ALDH genes in the Klebsormidium nitens, Coccomyxa subellipsoidea and Chromochloris zofingiensis genomes and Azolla filiculoides genome. The sequences of the encoded proteins were classified according to the approved classification into families and subfamilies and phylogenetic analysis of ALDH affinity of selected families with members from higher plants was performed using PhyML software. Most of the ALDH genes were found to be present in one copy in algal genomes and the absence of a strongly conserved ALDH7 gene was found in two algae. Furthermore, the presence of the ALDH gene was found, that was supposed to be present only in higher plants.

Keywords

aldehyddehydrogenasa, BLAST, PhyML, metabolismus aldehydů, řasa, kapradina, fylogeneze

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 14. 5. 2019

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. David Kopečný, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biochemistry / Bioinformatics